办法指出，水污染防治专项资金绩效评价的内容分资金管理、项目管理、产出和效益等三个方面，共涉及3个一级指标，10个二级指标。其中，产出和效益主要评价年度绩效目标和任务的完成情况，是评价工作的重点。评价工作的主要依据包括《水污染防治专项资金管理办法》、水污染防治目标责任书、专项资金绩效目标、地方环境保护主管部门会同财政主管部门编制的年度实施方案等。绩效评价最终的结果量化为百分制综合评分，按分数分“优秀”“良好”“合格”“不合格”四个等级。办法明确了水污染防治专项工作程序，强调资金与目标任务的匹配性。
办法要求，水污染防治绩效评价工作应分级实施，各级财政、环境保护部门按照要求及职责分工组织开展绩效评价工作，评价结果由省级财政和环保部门报财政部、环保部，由两部对各省上报的绩效评价报告进行审核、抽查等，并依此进行“奖优惩劣”。同时，对于预算执行中的绩效监控，办法分别对资金管理及使用、年度实施方案与水污染防治中央储备库的衔接、项目建设等方面提出了管理要求，督促绩效目标有效实现。
近期，各省财政部门、环境保护部门将根据办法，开展2016年度水污染防治专项资金绩效评价工作，环保部、财政部将根据相关结果对专项进展及成效等进行分析，优化专项管理，提高水污染防治专项资金使用效益，推动水污染防治行动计划目标实现。 
