督查发现的主要问题有：云南省文山州暮底河水库等6个水源地环境问题整治工作滞后，整治工作进度不足30％，远低于全国平均水平（50%以上）。主要涉及云南省文山州2个问题，河北省邯郸市、青海省西宁市、甘肃省临夏州和四川省成都市新津县各1个问题。
生态环境部有关负责人强调，按照工作部署，长江经济带相关省市应于2017年年底前完成地级及以上城市水源地环境整治任务，2018年年底前完成所有县级及以上水源地环境整治任务。督查发现，云南省文山州暮底河水库作为地市级饮用水水源地，至今仍未完成环境问题清理整治任务，其水源保护区内村庄生活污水和垃圾未收集处置，生活污水直排水库库区，严重影响水源地环境安全，对此必须采取有效措施，切实加以解决。
对未完成整治任务的问题，生态环境部将继续加大督办力度，督促地方党委政府落实饮用水水源地环境保护责任，切实解决水源地突出环境问题，有效保障水源地环境安全。
