科学制定补偿原则。按照“谁超标、谁赔付，谁受益、谁补偿”原则，在全市建立地表水断面生态补偿机制，将跨县（区）界断面和国家、省、市考核断面列入考核补偿范围，实行“双向补偿”，即断面水质超标时，责任县（区）或开发区将支付污染赔付金；当断面水质优于目标水质一个类别以上时，责任县（区）或开发区将获得生态补偿金。
科学划分补偿标准。污染赔付金额根据断面污染赔付因子超标情况进行多因子加和计算，断面水质某个污染赔付因子监测值数值超过标准限值0.5倍以内（含0.5倍，下同），责任县区或开发区每月赔付50万元，超标倍数每递增0.5倍以内，污染赔付金额每月增加50万元，单因子指标污染赔付金每月限额300万元。
科学管理补偿行为。对年度水质类别为劣Ⅴ类、未达到年度水质目标或发生较大及以上级别突发环境事件的，当年不予发放生态补偿金，污染赔付金正常收缴。因自然灾害导致考核断面超标的，经审核，可酌情将事件影响期内相关月份的水质数据剔除。每月计算各补偿断面的污染赔付和生态补偿金额，向社会公布并接受监督，同时畅通反馈渠道，各县（区）和开发区若有异议，可提出复核申请。
