在当前生态环境保护和治理过程中，作为被公开的首个地方高级官员由于保护区生态环境问题而被问责的案例，祁连山国家级自然保护区生态环境问题（以下简称为“祁连山生态环境问题”的确是一个很好的典型案例，但这绝不仅仅只是中国环境保护与治理进程中的典型负面案例，而是一个观察中国环境保护实践，并在此基础上开展环境经济学理论创新的绝佳案例。
表面上看，是以中央党政部门为代表的公共行政力量在环境保护过程中逐渐在发挥力挽狂澜的重要作用，但实际上，祁连山生态环境问题背后所显现的，是在新一轮生态环境保护工作中，运用非传统的环境经济学理论和思路来应对中国当下的环境问题，主要是体现为如何在环境与经济的关系中理解政府的力量，以及如何运用政府力量来解决可持续发展问题。
第一，传统环境经济学能解释清楚祁连山生态环境问题吗？
假如按照传统的环境经济学，如何理解祁连山生态环境问题呢？毫无疑问，外部性和市场失灵将是主要逻辑。也就是说，企业的项目建设产生了巨大的环境外部性，并在市场失灵的条件下无法得到有效出清，结果是长期下去，一旦对资源利用和环境的破坏达到较为严重的程度，就会爆发出各种资源环境危机出来。此外，从宏观环境经济学的视角来看，其背后还存在一个环境与经济的两部门关系问题，环境问题是“内生于”经济发展过程中的。
基于以上的思维，要解决祁连山环境问题，或者说，如果类似的祁连山环境问题如果发生在欧美，譬如黄石公园等，可能的解决办法其实并不复杂，药方有二，一是在短期依靠制度消除环境外部性，通过环境税或排污权交易等方式对外部性成本进行内部化，二是在长期依靠经济增长来内生性地解决环境问题，体现为居民环境意识的提高、环境保护的运动和舆论压力、地方政府（党派）的逐步重视等等。
那么，这样的药方能否用来解决中国的环境问题，解决祁连山的环境问题呢？事实上，即便在祁连山环境问题的成因上，传统环境经济学也无法进行很好的解释，进一步而言，传统环境经济学的药方也自然是无法有效应用到类似环境问题的治理上。
第二，祁连山生态环境问题的本质是“政府失灵”
祁连山环境问题看起来是外部性和市场失灵问题，其实是“假外部性”，是典型的政府失灵；根据中央的通报，祁连山生态环境问题与大量的项目违规批建有关系（“当地在祁连山区域黑河、石羊河、疏勒河等流域高强度开发水电项目，共建有水电站150余座，其中42座位于保护区内，存在违规审批、未批先建、手续不全等问题”。）
那么，在中国的国情下，谁是这些项目的始作俑者呢？可以看出来，只有政府部门才有权批建这些水电能源项目，更直接地，只有发改委等经济强力部门才能主导这些项目的批建。这样的违规批建为什么说是“假外部性”？因为，发改委批建这些项目的时候往往是要做社会经济效益核算的，建一个项目究竟能有多少经济效益、社会效益和环境效益，这些都是可以计算清楚的，最后在明知有环境影响的情况下，仍然决定批建这些项目，只有一个原因，那就是社会经济效益大于环境损失。就此而言，依靠政府之手开展的项目建设决策，与一个企业仅仅考虑自身利益出发，进而造成的外部性是有着本质区别的。这一点在环境经济学的发源地，欧美国家是无法想象的，因为在欧美国家，政府部门不可能成为某个经济项目的决策主体。就此而言，祁连山环境问题的本质是政府失灵，是假借市场名义下的“假外部性”。对此，如果继续沿用环境经济学的思维来考察祁连山环境问题，无疑是有失偏颇的。
第三，祁连山生态环境问题内生于地方政府主导下的经济增长偏好
长期而言，祁连山环境问题无疑也是内生于经济增长的，正是由于对经济发展的某种强烈“偏好”，才使得建设项目造成的环境破坏迟迟得不到重视和解决，这一点看似与西方环境问题的宏观成因也是一致的，但两者实则有区别，最大的区别在于，在西方市场经济国家中，环境问题内生于经济增长中的微观主体偏好，是微观主体对于环境的偏好变化形成了环境质量的起伏，但在祁连山的案例中，为何甘肃省主要分管领导到各部门各级官员在18大以来的环境高压下仍然无动于衷，是对市场力量的忌惮吗？答案无疑是否定的，祁连山案例通报结果所说明的恰恰是地方政府对经济增长的偏好已经远远超越了市场本身，无论其背后的原因是什么？（暂时还比较模糊）但中央最高层心知肚明的是，假借经济名义伤害环境的正是地方政府本身。就此，祁连山环境问题内生于经济增长的更准确表述是，环境问题内生于政府主导下的经济增长，或更加直接的是，“环境问题内生于政府的偏好”。对此，值得我们注意的是，政府对于环境改善的偏好是否与经济本身同步？也就是说，当经济发出积极或警告信号，要保护环境时，政府是否会同步发出类似信号呢？未必。原因是，政府及政府领导人的决策函数远比经济本身来得复杂，也往往更为滞后。
第四，解决祁连山生态环境问题需要环境经济学的理论和实践创新
以上几点分析带给我们的最重要启示在于，解决祁连山生态环境问题，首先必须在理论上搞清楚生态环境问题的来龙去脉，并在理论上提出并论证解决办法，其中最为重要的一个任务就是，基于政府行为的视角来重构环境经济学。
重构环境经济学的任务之一，就要将政府的行为纳入到污染成因的解释中，这是非常具有中国国情和特色的一个成因，而且这个成因的复杂性在于，政府行为通过各种途径渗透到环境问题中，使得环境问题的解决变得非常复杂。譬如，国有企业的环境污染问题，其中市场行为与政府行为是交叉在一起的，对环境排污决策有着各自影响，如果不区别开来，那就会陷入传统环境经济学的理论陷阱中。再譬如，产权问题上，产权模糊造成的公地悲剧与公有产权间有着怎样的关系？现行公有产权制度会否造成某种环境保护上的困境？等等。
重构环境经济学的任务之二，如何才能纠正政府行为？克服外部性和界定排污权是环境经济学的两大制胜法宝，出发点都是还原排污行为的全部成本，那么针对政府行为，如何才能还原这一成本呢？
回答这一问题就必须界定政府在环境破坏中的收益和成本，而要还原政府行为的全部成本，进一步需要的问题在于，究竟是需要依靠政府自身（如上级政府）还是引入市场之手。现在看起来，那些在西方社会行之有效的政策工具，譬如环境税，如果不能把政府行为纳入进去，结果就会像当前有关环境税的实践一样，只能在市场层面上规制企业，而无法真正地在政府层面上改变企业。
总之，传统的环境经济学派生于新古典经济学的范畴，其研究前提就是，在一个相对完善的市场体系中来理解和解决生态环境问题，但就祁连山生态环境问题以及其他的一些重大环境问题而言，对于政府主导型的经济体系，这样的前提本身显然是错误的，而解决的方法甚至是背道而驰的。某种程度上，解决生态环境问题，其实就是要一只政府之手与另一只政府之手自身进行作战，市场在此反而是可供选择用来对抗政府之手的政策工具。这一点，无疑是对传统环境经济学的一个颠覆。
