土壤微生物微小生命有机体的总称，是土壤中最原始的活有机体。它们的作用是：分解有机质，合成腐殖质，转化土壤中难溶性的矿质养分及固氮。包括三种生命形式：原核生物、真核生物和病毒。
1、土壤微生物的营养类型和呼吸类型
1）土壤微生物的营养类型
根据微生物对营养和能源的要求，一般可将其分为四大类型：化能有机营养型；化能无机营养型；光能有机营养型；光能无机营养型。
2）土壤微生物的呼吸类型
根据土壤微生物对氧气要求的不同，可分为：好氧微生物；兼性微生物；厌氧微生物。
2、土壤微生物的分布特点
绝大多数微生物分布在土壤矿物质和有机质颗粒的表面，附着或缠绕在土壤颗粒上，形成无机一有机一生物复合体或无机一有机一生物团聚体。根系周围的土壤（根际土壤）比根外土壤更有利于微生物的旺盛生长。表层土壤中微生物数量一般要比底层高。
土壤微生物在分布上也有地域特点，在不同气候、植被、土壤类型下，微生物的类群、数量都有很大不同。土壤微生物的类群和数量，随土壤熟化程度的提高而增多。土壤是个不均质体，能同时为要求不同的多种微生物类群提供生存条件。因此，土壤中同时存在着各种类群的微生物。
3、影响土壤微生物生长的主要影响因素
土壤有机质 :土壤中的微生物多数为异养型，靠分解有机质获得养分和能源。有机质含量丰富的土壤，微生物数量就多，反之则少。
植被类型
土壤水分 :水分是微生物生存的基本因素。
土壤空气 :土壤微生物多数是好气性的，所以土壤通气良好，有充足氧气供应时，厌气性微生物活动力弱，甚至会中毒死亡。
土壤温度 :土壤微生物生活需要一定的温度。如果温度超出其能忍受的最低或最高限度时，微生物就停止生长。在最高和最低温度之间有一最适温度，微生物在这一最适温度内生命活动最旺盛，根据最适温度可把微生物分为高温性、中温性和低温性3类。
土壤反应 :不同类型的土壤微生物，对土壤反应有不同的要求，过酸或过碱的土壤反应，超出了其适应范围，就会限制它们的生命活动。
4、污染土壤微生物修复
污染土壤微生物修复就是利用微生物的作用降解土壤中的有机污染物，或通过生物吸附和生物氧化、还原作用改变有毒元素的存在形态，降低其在环境中的毒性和生态风险。
按对土壤扰动情况：原位修复、异位修复
按污染物类型：有机污染物修复、重金属修复
5、微生物修复的优缺点
优点：微生物降解较为完全（为无机物），二次污染问题较小；处理形式多样，操作相对简单，有时可进行原位处理；对环境扰动小，不破坏植物生长所需要的土壤环境；费用较低；可同时处理不同种类的有机污染物。
缺点：当污染物溶解性较低或者与土壤腐殖质和黏粒矿物结合较紧时，微生物难以发挥作用，污染物不能被微生物降解；专一性较强；有一定的浓度限制。
