但要进一步提升练江水质，需要加大农村面源污染治理。就普宁市而言，农村面源污染主要来自纯农业村生活污水、山地农田排水、水塘水沟的底泥和蔬果树花种植使用的农药化肥等，这些面源污染物汇聚到水沟水渠，最终流入练江干支流，将成为练江化学需氧量、氨氮和总磷的主要来源。
农村面源污染的治理比点源污染的治理更加棘手。一是污染物无组织排放，没有固定的排污口，区域广大和具有不确定性；二是农民对农村面源污染的认识不足，农村面源污染的基础研究和治理技术开发也远远不足，尤其缺少基于流域尺度的面源污染防治理论与技术，缺乏实用的政策措施和工程技术。农村面源污染治理将面临一个困难期，短期内实现有效治理和生态恢复存在较大难度。
尽管存在许多困难，农村面源污染治理必须立即行动，尽力而为。将星罗棋布、源远流长的水沟水渠改造成生态沟渠，在保护沟渠和不影响排涝的前提下，既治理农村面源污染，又绿化美化沟渠环境，一举多得，不会产生不可逆转的负面作用。
生态沟渠是去除氮磷的有效途径之一。通过在现有沟渠中填充过滤沙土、种植水生植物、养殖水生动物，并适当设置节制闸坝、拦水坎、集泥井、透水坝等设施，对氮、磷等养分进行有效拦截，加速底泥降解，减少水体污染，重建和恢复沟渠生态系统，将改善沟渠生态环境和农村生态环境。
现有沟渠的护砌形式多以混凝土、石块等刚性侧壁为主，部分沟渠底部也采用石块或混凝土硬化，过分强调了排涝、防渗、稳定耐用和易于维护等性能，忽视了生态环境和人居环境的要求，尤其是混凝土增大水体碱性，不利于水生动植物生存，急需改造成生态沟渠。
沟渠改造时，首先要满足排涝、沟渠堤岸的安全稳定等基本功能，此外，要强调以下功能。
第一，加强生态环境保护功能。提倡采用生态护砌形式，如采用松木、水杉、多孔混凝土等具有生态效应的材料进行护砌，畅通土壤与水体间的物质交换，促进沟渠边人工湿地和沟渠两岸护坡植物的生长，保护沟渠内水生动植物正常生长，维护生物链与生态平衡，增强水体的自净能力和生态修复能力。
沟渠两岸护坡上生长的绿色植物对水体净化起到直接与间接作用，改善周围大气环境，又产生良好的景观效应，最终起到保护、绿化美化沟渠的作用，应提倡种植，切勿一味清除，更不可用除草剂清除。
第二，加强人居环境改善功能。提倡水岸同治，优化沟渠结构与绿化、美化的同时，加强沟渠两边的整治，如改造边坡、村道、歇凉点、娱乐场所等，使沟渠与周边环境相协调，改善人居环境。
第三，权衡沟渠排涝功能、生态功能、景观效益、建设运行的资金与技术要求等因素。用乡村方式改造黑水沟渠，使之成为农民自建自管、会建会管和喜闻乐见的生态沟渠。
现存多而长的沟渠为采用生态沟渠治理农村面源污染提供了客观有利条件，而且生态沟渠建设运行对资金与技术的要求较低，适合农村自建自管，有望推广。
