按照部署，2017年12月起，水利部组织对长江干流岸线利用情况开展全面自查和深入核查，确定涉嫌违法违规项目2441个，按照拆除取缔、整改规范两大类进行清理整治，其中明确第一批需拆除取缔356个项目，目前清理整治任务正在抓紧推进。
同时，水利部组织长江经济带11省市开展了入河排污口专项检查行动，共排查出规模以上入河排污口8051个，其中，位于各类保护区内的规模以上入河排污口60个，目前已有57个完成整改。2018年7月，水利部部署开展全国河湖乱占、乱采、乱堆、乱建专项清理整治行动，长江经济带11省市在流域面积1000平方公里以上河流、水面面积1平方公里以上湖泊范围内，共排查出“四乱”问题1万多个，已清理整治7000多个。
