据了解，2003年，福建省在全国率先启动九龙江流域上下游生态补偿试点，之后试点范围逐步扩大到闽江、敖江等流域。按国家生态文明试验区建设要求，近年来，福建省进一步建立覆盖全省12条主要流域的全流域生态补偿长效机制，明确全省12条主要流域范围内的所有市、县既是流域水生态的保护者，也是受益者，对加大流域水环境治理和生态保护投入承担共同责任。同时，综合考虑不同地区受益程度、保护责任、经济发展等因素，在资金筹措和分配上向流域上游地区、欠发达地区倾斜。
近年来，福建省重点流域生态补偿金筹措力度不断加大。2018年，福建省下达重点流域生态保护补偿资金13.36亿元，比上年度增加2.32亿元。今年下达补偿资金14.74亿元，预计明年将达到18.9亿元。
