接交办件后，涟水县政府主要领导当天即带领相关部门负责人到该公司实地督查指导，责成县环保局、淮安（薛行）循环经济产业园等单位立即展开调查。
针对举报人所反映的危废问题，2018年6月15日，涟水县环保局固废、环监执法人员和薛行园区仔细查阅了有关危废管理台账、行政处罚卷宗和涉嫌危险废物擅自处置移交案件材料，经过台账与现场情况核对，发现该公司并未有台账与事实不符的问题。
针对反映的废水问题，2018年6月16日，涟水县环保局、薛行园区组织对该公司现场检查，经调查未发现长期不正常运行情况，但是存在部分处理单元未运行问题。2018年6月17日，该县环保局、薛行园区邀请淮阴工学院专家对现场进行核查，现有产品生产过程中无工艺废水产生，现有废水仅为生活污水、地面冲洗水及非正常工况排水，废水产生量少，无法正常启动现有废水处理系统，该公司行为不符合立案查处条件。
经过整改，该公司已与华昌固废签订了处置协议，去年6月21日已完成蒸馏残渣、废水浓缩残渣等的转移；去年7月18日，该公司按照江苏环保产业技术研究院编制的整改方案完成生化池污泥清理，恢复运行生化处理系统，污水处理设施已正常运行；该企业污水预处理后经一企一管排入污水处理厂处理。涟水县环保局将严格落实长效环境管理制度，强化对区内企业环境监管。
