对于专项整治后续工作，《行动方案》提出要彻底完成违建别墅专项整治最后收尾工作，积极稳妥推进已拆除别墅覆土植绿还耕，抓紧完善土地回收和其他项目手续。
针对“五乱”问题，《行动方案》提出，严肃查处未批先建、非法占地、批小建大等各类违规建设，严肃查处违规供地、批建分离、擅自改变土地用途等行为，加强秦岭区域内宗教场所、旅游景点、农家乐等常态化管理；严肃查处侵占林地、毁林毁草、破坏植被、乱挖野生植物等违法犯罪行为，规范木材及其制品运输经营活动；严厉打击非法采矿、越界采矿和破坏性采矿等活动，严肃查处在河道、自然保护区、水源保护地等区域采砂、取石、取土、开垦等行为，持续做好涉及各类保护区矿业权、小水电等有序退出，系统推进矿山修复和尾矿库治理；夯实企业污染治理主体责任，完善城乡生活污水、垃圾处理设施，坚决防止违法占地堆放沙土弃渣、畜禽养殖粪便露天堆放等现象；严厉打击捕猎野生保护动物等违法犯罪行为，加强对涉及野生动物及其产品加工利用的餐饮、酒店等场所管理。
《行动方案》明确四方面整改措施，主要包括：一是编制整治工作台账；二是实行问题销号管理； 三是成立专项工作组；四是开展“回头看”督查。到2019年6月底前，专项整治后续工作全面完成，“五乱”等问题全面整治到位，秦岭区域生态环境保护工作持续加强。2020年底前，秦岭禁止、限制开发区内矿业权、小水电有序退出，矿山修复和尾矿库治理有序推进，宗教场所、旅游景点、农家乐等常态化管理工作全面加强，秦岭生态环境得到全面恢复。
