由于电力行业是目前SO2排放的主要污染源，火电SO2排放约占全国SO2排放的50%。因此，控制SO2的排放，必然成为电力行业“十一五”及“十二五”期间环境治理的主要问题之一。按照我国2007年的脱硫装机容量占全国火电约48%进行初步计算，2007年火电可脱硫(指SO2，不是单质硫，下同)约870万吨。据统计，以2007年全国燃煤电厂烟气脱硫产生石膏约1700万吨数据为基础，利用等量摩尔数进行估算，2007年火电实际烟气脱硫约630万吨，即约有38.1%的脱硫装机容量没有运行或者没有稳定运行。要想完成国家“十一五”及“十二五”总量要求并彻底实现SO2控制，必须要实现全部脱硫装机容量的稳定运行。
2、火电烟气脱硫方式单一，脱硫使用石灰石资源巨大，造成生态破坏严重
由于我国目前采用石灰石-石膏湿法脱硫的工艺占90%以上，这种较单一的脱硫方式决定了我国脱硫所采用的石灰石原料量巨大。据统计与估算，我国2007年在脱硫方面使用的石灰石原材料为1300万～1500万吨，按照一般含量50%来计算，则需开采约3000万吨的矿。常年如此大规模的对石灰石矿的开采必然会对地方生态带来较严重的影响。世界很多国家也较多使用石灰石-石膏湿法脱硫工艺，但因为其火电总装机容量不大，所以消耗的资源与产生的脱硫石膏总量均不大。因此，我国应根据具体国情因地制宜地采取多种脱硫方法并用的方式。
3、火电烟气脱硫副产物石膏处理现状不理想，极易引起生态问题
与发达国家相比，我国火电烟气脱硫装机水平虽然已经达到或超过了其平均水平，但在脱硫副产物石膏综合利用方面，却有着很大的差距。我国目前的火电脱硫石膏的利用率仅为10%左右，绝大部分脱硫石膏是处于自然堆存的状态，其中含有的重金属及有害化合物可能会导致地下水污染，同时会对自然生态产生潜在破坏作用，还会因为脱硫石膏的自然风化再次释放SO2而出现二次污染。
4、火电大气治理目前以烟气脱硫为主，大气治理存在总体失衡的趋势
为了控制酸雨和SO2的污染，国家明确提出了对于火电厂烟气脱硫的要求。随后，国家采取了一系列法规、政策要求以及财政政策，包括：发布了新的《火电厂大气污染物排放标准》(GB13223-2003);提高了排污收费的标准;从浓度控制到总量控制;对安装了脱硫设施的电厂给予优先上网和优惠电价政策等。目前，我国火电烟气脱硫系统已成熟，2007年、2008年连续两年火电SO2排放量下降，所以只要在日常运行管理方面加强监督，火电SO2大幅减排指日可待。
但是，要想根本解决酸雨问题，在解决火电SO2减排的同时一定要重视火电氮氧化物的治理。同时我们还看到，全球尤其是发达国家已经将大气治理的主战场转移到二氧化碳方面。相比而言，我国火电大气治理并没有在法律法规、政策要求等方面实现治理重点的科学转移。
