《报告》指出，各环境权益交易市场普遍存在法规制度不完善、活跃度低、透明度差、各地交易价格差距大和相关金融工具发展不成熟等共性问题。
法规和制度不完善。碳排放权交易市场情况最好，2019年4月公布了《碳排放权交易管理暂行条例（征求意见稿）》，向社会和公众征询意见，后续有望在修改后尽快推出，国家层面其他各方面的制度建设方案也比较明确。排污权交易方面，国务院办公厅2014年8月6日发布的《进一步推进排污权有偿使用和交易试点工作的指导意见》是部门规章，虽具有普遍约束力，但不具备法律效力，在具体的交易制度设计、市场管理方法、配额分配方式等方面，国家还没有统一的规定，各试点自行制定交易制度，存在较大差异，“一地一制度”的问题使得排污权交易的公允性受到质疑。用能权和水权交易市场也缺乏相关法规和配套制度。
活跃度低。碳市场各试点普遍存在交易集中发生在各自履约期月份的情况，反映出控排企业买入碳排放权主要是为了满足履约要求，而非出于交易需求，市场对其他投资者也缺乏吸引力。排污权交易多发生在政府和企业间的一级市场，企业间配额买卖的二级市场非常不活跃，有些地区会出现数月未有成交的情况，反映出企业多数是为了满足自身的排污需求而参与交易，只在政府处购买排放指标，对企业间配额交易缺乏认识和参与积极性。用能权和水权交易市场经常出现长期无成交的情况，市场活跃度极低。
透明度差。在成交信息公布方面，碳排放权和水权交易市场做得比较好，会在各试点交易所官网和中国水权交易所官网上公布成交量、价格等信息，但仍缺少配额量的确定、水权确权和分发情况等信息的披露。排污权和用能权交易市场透明度很差，没有专门渠道进行信息公开，有些成交信息会出现在新闻报道里。
各地交易价格差距大。碳排放权交易市场2018年北京试点配额的平均价格最高，约为57.93元/吨，重庆试点价格最低，约为4.36元/吨，差距很大，在同一试点市场也存在价格波动大的问题。排污权交易市场排污指标采取有偿分配的方式，目前试点地区各自制定有偿分配方式和定价方法，很多地方公布了各项主要污染物的指导价格，差异很大。用能权市场披露的交易信息不多，能找到成交信息的2018年江苏省两笔节能量交易价格分别为120元/吨和80元/吨，湖北省的一笔用能权交易价格约为40元/吨。从中国水权交易所公布的交易价格来看，“区域水权/取水权”交易成交价最高可达1.2元/方，最低可至约0.3元/方。
金融工具发展不成熟。碳排放权交易市场一些试点进行了碳衍生品交易和碳相关融资工具的尝试，包括配额回购融资、碳资产质押、碳债券、碳掉期、碳远期等，但产品数量不多，金额也不大。排污权交易市场较早就进行了融资工具的探索，实际推出的金融产品数量很少，创新难以进行，究其原因还是市场发展的不成熟导致。用能权和水权交易市场都几乎没有融资工具推出。
《报告》同时指出，排污权和用能权交易市场在政策机制和基础建设方面存在特性问题。
我国近年来大力推进排污许可制度，对多种污染物实行“一证式管理”。理论上来说，排污许可制度是排污权交易的前提条件，但在实际操作中，排污权交易开展的时间比较早，各省根据自身情况制定交易制度和管理办法；而排污许可制度2014年在修订的《环境保护法》中被明确，2016年以后大力开展制度建设和具体执行。目前在执行层面两者还没有实现良好衔接，主要体现在排污指标、工作范围和期限三个方面。
此外，排污权交易涉及的污染物种类与环境保护税应税污染物有重合，对于同一种污染物来说，排污权交易和环境保护税是可以相互替代的市场化工具，只是管控的方式不同，环境保护税的征收将压缩排污权交易市场。
节能量交易与用能权交易本身存在市场重复建设的问题。节能量与用能权交易都是从能源消耗的角度来总体控制企业的能源消费，以达到节能减排的目的，只是采用的方法不同。另外，两者的规范对象都是重点用能单位，只不过各试点对纳入单位的年能耗要求不一样，节能量和用能权交易市场的本质是一样的。
用能权交易与碳排放权交易市场存在重叠问题。用能权交易的交易机制与现有的碳排放权交易制度高度相似，用能权交易的基础是能源消费总量控制，属于前端把控，碳排放权交易的基础是碳排放总量控制，属于末端把控，但鉴于燃料消耗量和碳排放量之间具有相互换算的关系，两者实际上测算的是同一个指标。
针对这些问题，《报告》提出，应多方齐发力推进各环境权益市场的建设。
建立健全交易法规和制度。国家应尽快出台行政法规，使环境权益交易有法可依，并制定统一的基本交易制度和技术指导，建立健全顶层设计，对配额分配方法、交易规则等进行统一规范，为地方政府相关部门工作提供指导。地方试点地区应优化交易设计，改善交易体系，保障交易工作有效、持续开展。另外，应加快基础设施建设步伐，包括数据报送系统、注册登记系统、交易系统和清算系统等。
制定稳定积极的交易政策和灵活的价格调控机制。首先，企业对环境权益产品有效性的信心是基于政策相对稳定长久的预期，必须确保配额发放（确权）机制与其他配套政策的明确和稳定。其次，要鼓励具有一定规模的交易，适当引入多元化的市场参与主体，合理的市场规模以及充分的流动性，是市场能够有效发挥定价功能的基础。另外，为防止价格大幅波动，建议建立市场的价格稳定调控机制，设置价格涨跌停及最大持仓量限制制度。
加强MRV（监测、报告与核查）体系建设。需要建立和完善MRV体系相关配套制度，制定科学、统一、执行性强的方法学。要制定统一的规则，强化MRV的管理、执行、评估和监督，制定执行细则，完善技术支撑体系，重视第三方核查机构的作用，加强能力建设，力争监测数据的准确性和报告的真实性。在完善数据透明度和准确性的基础上，需要加大减排督促力度，建立惩处机制。
推动金融工具发展。市场的健康稳定运行与金融的发展是相辅相成的，稳定的市场是金融发展的基础，而发展金融工具能够活跃市场，起到价格发现的作用，会大力促进市场的长期健康运行。各环境权益市场需要采取措施，推动金融工具发展，并加强利益相关方的金融能力建设。在相对发展较快的市场，如碳排放权交易市场，推动期货市场建设，引入金融监管。
此外，针对用能权市场重叠问题，《报告》指出，要解决节能量交易与用能权交易间市场重复建设的问题，做好其与碳排放权交易制度的衔接工作。国家可评估目前试点的运行情况，综合考虑机制设计和交易制度等方面的因素，择优选择推行用能权或者节能量交易。
针对其与碳排放权交易制度的重叠问题，监管部门需要做好协调，明确用能权交易与碳交易之间的关系，对纳入两个市场中的企业如何进行转换和抵扣等做出规定，最大程度避免增加企业负担，提高企业参与市场交易的积极性。
