多年来，南通市环境监测监控能力不断提升，为全市污染防治和生态文明建设发挥了积极作用。当前，全市污染防治攻坚战已进入决战决胜的关键阶段，迫切需要全面提升生态环境监测监控水平。根据《规划》，南通市将通过提高监测监控的广度和深度，推动监测监控由单要素向全要素综合、由浓度监测向成因机理解析、现状监测向预测预报和风险评估拓展提升，力争做到三个“说清”：说清生态环境质量状况，说清其变化趋势，说清其潜在风险。到2021年，大气、水环境质量监测预警预报能力明显提升，实现PM2.5精准管控、重污染天气和突发环境污染事件有效应对。污染源监控能力显著增强，污染源排放与环境质量综合关联分析能力显著提升，初步形成与南通市生态环境治理体系与治理能力相适应的现代化生态环境监测监控新体系，为环境管理和精准执法提供坚强技术保障。
《规划》详细列举了南通市生态环境监测系统三年建设规划的八个方面28个重点工程项目。明确了完善水质环境自动监测网络，基本实现重点断面全覆盖，到2021年底前，全市新建水质自动监测站79个，更新改造8个已建水站。加强大气自动监测网络建设，提升预警预报能力，实现市，县（市、区），乡镇（街道）空气质量自动监测全覆盖，到2021年底，全市新建108个空气监测站和430个微型空气站，更新改造14个空气监测站。加强噪声自动监控建设，2019年底前，在崇川区、港闸区、南通经济技术开发区建成8套功能区噪声自动监测设备；并逐步对建筑施工场地、机场等重点环境噪声源开展自动监测，2020年将推进振动监测能力建设，增配振动监测仪器设备，逐步对铁路沿线环境振动重点污染源开展试点监测。
《规划》还提出，加强自然保护区及农村环境监测；加强污染源监控网络建设，实现重点排污单位全覆盖；加强移动源遥感监测；完善生态监控平台建设；加强生态环境监测能力保障等方面的重点工程项目，让环境监测监控成为协同推进南通经济高质量发展和生态环境高水平保护的重要支撑和先导力量。
