湖北省结合实际，于1月31日组织制定了《湖北省应对新型冠状病毒感染肺炎疫情应急监测方案》。按照方案要求，武汉市环境监测中心迅速响应，全力做好现场监测人员防护，认真做好大气、水环境监测，特别是饮用水源地水质监测。监测人员克服重重困难，全力保障武汉市重点饮用水源地长江纱帽(左)、长江杨泗港、汉江宗关的自动监测工作，并对其他饮用水源地水质开展手工监测。加强重点地区金银潭医院、火神山医院、雷神山医院周边空气质量监测，对未来3天的空气质量进行预报，为疫情防控提供了科学依据。
为加强疫情防控期间医疗机构废水处理监管工作，按照指挥部要求，武汉市环境监测中心组织各区环境监测站，每天对24家收治发热病人的综合医院和2家专门医院的外排污水在线监测和自测情况进行监控和抽测，对全市在运行的27家城镇污水处理厂运行和排放情况进行检查和抽测，全面保障疫情防控相关的生态环境安全。
