新冠肺炎疫情发生以来，深圳市严格落实生态环境部和省生态环境厅相关要求，抓实抓细医疗污水、生活污水处理环境监管工作，及时出台《深圳市新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水处理强化杀菌消毒工作指引（试行）》，要求按照“源头消杀、中间防控、末端管理”原则，对“厕所-化粪池-医疗污水处理设施-污水管网-污水处理厂-排放水体”实施全链条管控，坚决阻断“粪口传播”。
深圳市生态环境局组织对定点医疗机构、污水处理设施等实施全覆盖监测，并将监测结果及时反馈有关单位和部门，指导做好污水处理、消毒等防疫处置工作，确保疫情医疗污水、生活污水得到及时有效收集处理。目前全市疫情医疗污水、生活污水处理系统保持稳定且出水达标。
在隔离观察点、疫情小区杀菌消毒方面，疫情发生以来，深圳市生态环境局先后对87个隔离观察点和250个疫情小区按规范开展了强化消杀工作，确保无一遗漏。2月26日，对在用的76个隔离观察点杀菌消毒两次以上，对尚未解除硬隔离的16个疫情小区杀菌消毒一次以上。
在医疗污水处理方面，全市53座医疗污水处理站出水全部达标。2月26日监测数据显示，1家定点医院——深圳市第三人民医院医疗污水处理出水余氯为8.48mg/L；1家新冠肺炎出院病人疗养院——南方医科大学深圳医院禾正病区医疗污水处理出水余氯为6.80mg/L；49家开设发热门诊的医院（含市第三人民医院，共52个诊疗点）中，46家医院医疗污水处理出水余氯日均值在2.76-8.59mg/L之间，南方科技大学医院、深圳恒生医院采用不含氯化学品消毒，均符合疫情期间消毒杀菌标准，深圳华侨医院近期未排水。
在生活污水处理方面，全市69座生活污水处理设施出水全部达标。2月26日监测数据显示，全市38家水质净化厂余氯均未超过0.5mg/L，粪大肠菌群均在200个/L以下；31家分散式污水处理设施出水余氯均未超过0.5mg/L，粪大肠菌群均在825个/L以下，符合《城镇污水处理厂污染物排放标准（GB18918－2002）》中一级A排放标准（粪大肠菌群均小于1000个/L）。
