与一般生活污水相比，医疗污水成分情况更为复杂，包括病原性微生物、各类检测试剂和常规污染物在内的多种成分。按照《医疗机构水污染物排放标准》(GB18466-2005)，传染病医疗机构污水排放标准的卫生学指标是粪大肠菌群数小于100MPN/L，肠道致病菌、肠道病毒均不得检出。这也意味着，从处理、收集、运输设施设备，到消毒药剂、安全防护物资的保障，从设施达标排放、检测监测到有效监督监管，防控链条上多个环节均面临严峻挑战。
在此之前，一系列医疗污水处理“路线图”相继落地：2006年起实施的《医疗机构水污染物排放标准》，2013年起实施的《医院污水处理工程技术规范》，2015年发布的《疫源地消毒总则》在确保医疗污水达标排放的同时，也提升了城镇污水处理应对突发事件的能力。这也要求，对医院产生的污水、废气和污泥全面控制，明确消毒时间和余氯量的同时，也将对COD、BOD5、SS、氨氮等理化指标更为严格。
一般情况下，医疗污水污物如何处理？医疗废水处理一般分为一级处理+消毒、二级处理+消毒。具体来看污水要进入化粪池进行厌氧发酵，后由化粪池进入格栅，去除大颗粒杂物后，再经调节池、沉淀池、消毒池处理，直至纳入市政管网排放及排河。“主要是经过收集、格柵、调节、絮凝反应、沉淀、消毒、检测7个步骤。”目前，99.4%的定点医院具有污水处理设施，剩余0.6%的定点医院采取应急措施处理污水。
迄今，我国已形成从医院病房防疫到医院污水处理，再到接收定点医院污水的城市污水处理厂的三级防护体系。而医院污水作为病毒重灾区，在源头直接消毒也通常被视作污染防控的关键核心环节。除部分大型医疗机构采用臭氧和二氧化氯消毒，绝大部分定点医疗机构、新建成投用的医院、临时集中隔离场所都采用次氯酸盐。
“处理后的医疗污水是否达标，主要由两个具体标准决定。”这其中，作为医疗污水处理的重要指标——余氯指标要求也更高。公开资料显示，余氯，指氯投入水中后，除了与水中细菌，微生物，有机物，无机物等作用，消耗一部分氯量外，水中所余留的有效氯。疫情发生前医院污水处理后排入城市污水处理厂，处理后水余氯指标为2∽8毫克/升；医院污水处理后非排入城市污水处理厂，处理后水余氯指标为3∽10毫克/升。
而在一个上限之下，含氯消毒剂用得越多，消毒杀菌效果越好。疫情发生后，余氯含量指标为6.5∽10毫克/升，且要经过两次投氯消毒处理。至于居家或公共场所的正常消毒则主要采用氧化剂等消毒物质，后者通常会和污染物中的还原物质进行快速中和，排放到下水道中和一般的化学物质没有区别。
生态环境部公布环境质量监测结果也显示，2020年1月20日至2月29日，生态环境部累计对11474个饮用水源地开展监测，未发现受疫情防控影响饮用水源地水质情况。其中就湖北而言，125个水源地质均达到或优于Ⅲ类标准。武汉19个饮用水源地水质均达到或优于Ⅲ类标准。
