为保护林区水环境，早在2019年6月，湖北省神农架林区就已建立了区内流域横向生态保护补偿机制，并实施至今。在建立区内横向流域生态保护补偿机制的基础上，林区积极响应跨市河流流域生态补偿机制，积极与周边县市区签订流域横向生态保护补偿协议，确立双方权利与义务，实行共保联治，各项工作取得积极成效。
截至目前，林区已和湖北省内保康、兴山、房县等县市分别签订了流域补偿协议，建立了跨流域生态环境联防联控机制，各方通过开展隐患排查、联合监测、加强污染控制、实施协同处置、做好纠纷调处、强化协商联动，保障流域上下游生态环境安全。同时，林区正在积极与竹山和巴东等县沟通协议签订事宜，争取早日形成跨区域流域共保联治的新格局。
通过深入推进流域横向生态保护补偿工作，林区水生态水资源得到修复，水环境水质得到了持续改善，流域经济社会与环境进一步实现协调发展。
