为强化生态环境保护专项资金管理，加强资金监管，发挥资金效益，2022年，云南省出台了水、土壤、大气、农村环境整治4个中央生态环境保护资金管理实施细则和省级生态环境保护专项资金管理办法，在优化资金投入结构、规范资金管理程序、完善项目库管理等方面提出细化要求，进一步健全完善了生态环境保护专项资金管理制度体系。
一、优化资金投入结构
严格按照中央生态环境保护专项资金管理办法，明确中央水、土壤、大气污染防治资金和农村环境整治资金的支持范围和支持重点。结合云南省生态环境保护工作需要，将污染防治能力建设、生物多样性保护、横向流域生态保护补偿奖补、农村环境整治等明确为省级生态环境保护专项资金的投入重点，构建起中央资金和省级资金各有侧重、相互协调的资金投入结构。
二、规范资金管理程序
进一步明确资金分配、管理和使用原则，确定资金分配方式，规范细化项目申报、专家评审、资金分配、资金使用、绩效评价、资金监管等工作程序和要求，厘清部门职责，完善财政部门和生态环境部门相互配合、相互监督的资金管理工作机制。
三、完善项目库管理
严格执行中央和省级项目储备制度，未纳入项目储备库的项目一律不予支持。提高项目库储备规模和质量，力争项目库储备项目达到上年度资金规模的1.5倍，为选好项目、用好资金打下基础。
四、强化预算执行管理
明确资金分配、资金下达等工作时间节点要求，生态环境部门在收到资金指标15日内提出资金分配方案，财政部门收到资金分配方案后15日内下达资金预算，在30日内完成资金下达工作。进一步平衡项目资金需求和年度资金投入规模的矛盾，对投资数额较大、实施期限跨年的重点项目，分年度安排资金支持，既能确保项目实施效果、又能保障年度资金的执行。
五、强化资金监督管理
建立定期调度制度，加强对项目资金到位情况、执行情况、管理情况、绩效目标达成情况的监管，分析存在的问题，及时通报、督促整改，切实提升资金执行效率。强化资金绩效管理结果应用，对资金实行全过程绩效管理，督促部门和各地增强绩效管理意识，提高资金使用绩效。
