为了保护南四湖生态环境，微山县积极创新管理机制、强化资金保障，深入践行横向生态补偿机制，推动形成“责任清晰、合作共治”的流域保护格局，促进了南四湖流域生态环境持续改善，推动高质量发展。
一是深入践行生态补偿机制。坚持算政治账、生态账、长远账，深入践行省内县际流域横向生态补偿机制，与枣庄市滕州市、薛城区等8个县（市、区）、涉及16个国省控断面签订了流域横向生态补偿协议，清晰界定流域上下游地区水质保护责任，统一南四湖流域各县（市、区）思想，协同推进南四湖入湖河流上下游、左右岸、干支流的综合治理，减轻客水污染压力，降低南四湖流域污染综合防治、生态保护修复成本。
二是全面推进生态保护修复。积极推进矿业权退出和退渔还湖，释放湖泊水面40多万亩，建成人工湿地6万余亩，保护修复原始生态湿地10万亩。实施环南四湖大生态带建设，南四湖流域污染防治和生态保护修复方面卓有成效。同时，坚持以“河长制”为抓手，实行“一河一图”“一河一策”管理措施，全民动员、全员发动、细化责任，形成“全员参与、上下联动、齐抓共管”的工作格局，实现水环境质量的整体提升。南四湖水质稳定达到地表三类水标准。央视《新闻联播》、《山东新闻联播》等主流媒体对相关做法进行报道。
三是全力推动流域综合治理。加强南四湖入湖河流断面的水质监测，大力建设水质监测站，实现入湖（入境）河流监测点全覆盖，对入湖（入境）河流进行实时监控，及时发现问题隐患，保障入湖河流的水质安全。把跨行政区域生态保护补偿协议签订与监测网络建设运维、协同保护治理、联合交叉执法、项目环评会商、污染应急处置等工作统筹考虑、一体推进，形成联防联控机制，真正形成“责任清晰、合作共建”的流域保护和治理长效机制，促进南四湖生态环境质量持续改善。自2021年9月微山县签订流域横向生态补偿协议以来，水质达标率大幅提升，生态环境效益明显，有力促进了南四湖流域的生态保护和修复。
四是坚决做好补偿资金保障。加大对上争取力度，深入研究上级政策，统筹整合上级纵向生态补偿资金和产业发展专项扶持资金，全力争取南水北调东线工程生态补偿资金，争取将南四湖重点生态功能区转移支付资金纳入中央生态补偿转移支付范围，为推进南四湖生态保护提供财力保障。积极做好横向补偿预算，通过整合环保专款和县级预算资金，将流域横向生态补偿资金足额列入预算，保障横向生态补偿资金及时兑现。按照生态补偿清算结果，微山县将1060万元横向补偿资金及时支付给滕州市、薛城区，为贯彻执行横向补偿机制起到率先垂范作用。
