过去，农村生活污水处理缺少基础设施，当前的主要矛盾则是运行效果不好。一方面，很多已建成的污水处理站，清水进，清水出；另一方面，大量污水直排，导致农村地表水体黑臭现象严重。对此，必须准确分析症结所在，采取有效措施，避免投资浪费。
农村生活污水处理不到位并不是偶然的，作为一个系统工程，如果各个环节协调不好，衔接不畅，整个链条上必然薄弱点多，经不起外界冲击。首先，农村污水处理一般是先建集中净化设施，再配套管网，且资金自筹，但往往由于经费不足的原因，管网就没敷设，污水流不进来，投资建设的设施设备也就闲置了。
其次，在设计污水处理站规模时，入户调查不充分，再加上现在农村人口流动性强，普遍存在平时进水量不够，节假日，尤其是春节期间又处理不了的矛盾。由于经常不满足进水条件，处理效果大打折扣。
最后，很多地方没有财力补贴，向住户收取污水处理费的机制尚未健全，失去了资金保障，支付不了人力、电费等成本，稳定运行农村污水处理系统也就沦为空谈。
各种督察、检查都发现了农村污水处理效果不佳的现象，群众反映也多。仔细分析每一个案例，既有共性问题，个性问题更是层出不穷。提质改造农村污水处理系统，要鼓励以下三个方面的创新。
一是技术创新。针对农村生活污水水质、水量波动大的特点，增设适当规模的调节池，根据池内水量决定连续还是间歇式运行污水处理站。农村净化设施不能简单缩微城市污水处理厂，鉴于农村生活污水的成分比较简单，多采用高效低成本的湿地处理技术，并与农村景观建设结合起来。总体来看，并不需要颠覆式的技术创新，优先解决厂网配套的问题，局部改造现有工艺。
二是思路创新。沿着农村用水过程分析，家庭取洁净来水，生活利用后混入了氮、磷等污染物，直排地表水会造成污染，但用作房前屋后的绿化、灌溉等，它就是肥水。如果改变思路，通过这样降等次循序用水，就不需要花很大代价脱氮除磷，可以适当降低处理出水标准，既经济，又将生产与生活紧密联系起来，掌握了农业灌溉的主动，提高稳产能力。
三是管理模式创新。我国农村居住形式多样，集中还是分散处理生活污水，不搞一刀切。对交通便利地区，推荐在中心区域建一个共享的处理站，周边地区只建集中收集池，用槽车抽取过来统一处理，这样开工足，总成本也不高。民间有智慧，鼓励发展其他行之有效的处理模式。
经历大规模建设后，农村生活污水处理的基本格局已形成，当务之急是回头看，对暴露出来的问题不回避、不推诿，多管齐下，找到补救办法，使工程投资真正发挥减排作用，尤其是让群众看得见变化，取得实在的整改效果。
