黑臭水体的治理是伊通河综合水生态治理的重要部分，而这项工作也涉及到长春市内多个公园的水域。
位于动植物园北门附近的污水处理厂施工，原来地下的巨大深坑已经不见了，主体建筑已经成型。据了解，动植物公园污水处理厂主体结构长122.7米，宽69.5米，建筑面积8528平方米;基坑深度为11.8-16米，日处理能力为3.5万吨。
“污水处理厂的位置原来是动植物公园的动物散养区，污水处理厂建成后，地面上将建一些景观。”据动植物公园污水处理厂项目技术负责人孙雪峰介绍，动植物公园占地74公顷，水域面积为8.8公顷，经调查公园内有四处排水口，两处雨水直排口，两处雨污混合暗渠直排口(西南角及西北角暗渠的直排口)是整个动植物公园水体的主要污染源。
“这个污水处理厂，它的目的就是给动植物公园和永安明沟进行补水，让水活起来。还有通过一些生态化修复的手段，从而保证水质。处理后中水排入动植物公园使动植物公园常年有活水循环，经永安明沟最终汇入伊通河。”孙雪峰说，目前，污水处理厂工程主体已经全部完工。明年将安装设备，预计7月份投入运行。
据介绍，长春市伊通河综合整治工程南湖汇水区水体治理为综合水体治理项目，总治理范围约为465公顷，工程建设投资约10亿元。工程内容包括：永安明沟、动植物公园、南湖公园、朝阳公园、牡丹园、御花园、杏花村公园、雕塑公园、民康路暗渠。共9处黑臭水体。其中重度黑臭水体1处为动植物公园，其他均为轻度黑臭水体。
南湖汇水区水体治理工程主要措施包括：截法纳管，完善污水截流管线;面源控制，采用合流制调蓄池，控制合流溢流污染;内源治理，清除水底淤泥和植物残体，建设污水处理厂，对动植物公园进行生态补水。
据长春市建委维管中心排水部副部长吕志勇介绍，到2017年底，长春市基本消除建成区黑臭水体。从2016年10月至今，75个黑臭水体中46个水体黑臭现象已消除(其中32个工程措施已完成，14个水体剩余少量措施正在完善);剩余29个水体仍然黑臭，正在优化施工组织措施及方案，全力抓抢进度，保证年底消除黑臭。目前工程完成投资12.64亿元，完成基本消除黑臭阶段投资的62%。
