全市实施《重庆市城市黑臭水体整治工作方案》，强化对全市48段黑臭水体进行监督性监测和现场督导，顺利通过2018年5月生态环境部和住建部联合开展的黑臭水体专项督查工作。
全市对不达标河流进行全面监督性监测，加快推进流域综合整治。对涉及10条水质不达标河流的18个区县和2家企业采取了集中约谈、挂牌督办和区域限批。截至6月底，长江干流水质为优，长江支流水质总体优良。其中，乌江、任市河、綦江河水质稳定达到国家考核要求，龙溪河、大溪河等河流水质持续改善。
全市加强消落区管理。原国务院三峡办共审批该市三峡后续规划生态环保类项目1220个、三峡后续工作专项补助资金167.08亿元。三峡库区消落区非城区段全部划入生态保护红线范围，消落区耕种面积在2016年8100亩基础上降至2465亩。
