当前，有关土壤环境的标准体系仍有较大完善空间。以土壤环境质量标准为例，一是指标少，二是指标值的确定缺少科学资料的积累，不少是从国外直接引进吸收的，没有经过规范的毒理学试验，也没有结合流行病学调查，因而对指标的松紧度把握不准。
制定与土壤环境相关的标准需要面对很多困难。首先，土壤中的有害物质是通过食物链传递进入人体的，不同种农作物、蔬菜对有害物质的吸收能力存在显著差异。因此，即使是在同一地区轮作不同的庄稼，土壤污染的危害可能截然不同，由此带来土壤标准的不确定性问题。
其次，土壤自身的理化性质影响有害物质的毒性。土壤水分、pH、有机质、粒径分布等理化指标都影响有害物质被生物利用的程度，有害物质之间还存在协同或拮抗作用。而我国地域广阔，地理空间差异显著，土壤类型丰富，发布一个放之四海而皆准的标准值不现实也不科学，但分区分类制定标准工程浩大。
最后，制定土壤环境标准需要的科学积累过程漫长、复杂。一是对土壤污染现状缺乏系统调查，家底不详;二是缺少土壤污染与人体健康相关性的资料;三是土壤污染危害人类健康的途径多样，增加了标准的制定难度。
标准决定了产品质量，也是守护公共环境安全的第一道防线。各行各业都重视标准的制订。一项事业或工作的开展，离不开标准的支撑。只有标准覆盖到了，监管要素都齐全了，才能保证控制效果。土壤环境标准和其他行业一样，基础并不扎实，但各项工作又急需，必须以更大的力度推动。
首先要明确制订土壤环境标准的主体责任。对土地的利用和专业管理分布在很多政府部门，各部门应根据监管领域，分头制订相应的标准并监督实施。比如，农业部门牵头制定有关农产品、农用地环境质量的标准，住建部门负责制订建设用地修复标准，环保部门研究污染场地修复标准等。这些标准制定后，联合质检部门发布，成为国标。面对庞杂的土壤环境标准体系，任何一个部门不可能全部顾及，必须合理分配到相应的专业机构去完成。
其次，优先建立制订土壤环境标准的方法论。我国的土壤种类多，开发强度高，各地耕种习惯等相差大，制订土壤环境标准必须坚持分区分类的原则，这就要求建立规范的定值程序，指导地方如何结合本区域实际确定针对性强的标准值。这项工作非常复杂，重点考虑怎样对统一标准值进行实事求是的本地化修正，应组织攻关，将其模型化后，交给市、县应用。
第三，将土壤环境标准与农产品标准等有机结合起来。土壤不是产品，而是一种生长基质或支撑地表物的载体，因此，土壤环境标准不是孤立的，必须与其用途或者说其上的生长物产品标准等有机衔接。尤其是对耕地，土壤环境质量安全与否是相对的，种植水稻可能超标，改种蔬菜则是安全的，栽种烟叶更没风险。判断一块耕地是否要开展污染治理，不能完全基于土壤污染物检出浓度，必须结合种植结构、农作物品种等进行综合分析。最科学的路径是先检测农业收获物的安全性，若超标，再分析是否来源于土壤污染，不能本末倒置，对直接消费农作物的品质漠不关心，间接指标反而吸引了全部注意力。
最后，提高土壤环境标准的强制性和开放性。土壤环境质量事关农业生产和人居安全，一旦发布，则要强化执行，特别是建立“毒土地”退出生产建设领域与土壤修复机制。然而，土壤环境标准的制订是技术含量相当高的工作，一次成型的挑战大，宜先建框架，形成开放格局，不断将成熟指标值补充进去，经过较长期的完善后，最终体系完整。
