1、资金短缺而且缺乏融资能力
在当前对于合同能源管理进行摸索和试行的节能企业中，由于缺乏配套的政策支持，很多节能公司用完赠款和相应配套资金后，转行的转行，沉寂的沉寂;没有国家政策支持的合同能源管理工作如同一张空头支票，偌大的市场摸不着，转瞬即逝。对此是可以理解的，但是不能光停留在理解的层面上，国家和地方政府对此应予充分重视并出台相应政策予以解决。
目前我国的EMCO中，中小企业的比例较大，大多为经济实力较弱，无力对成批的或企业整个系统的节能技改项目实施全过程的服务，而且以分享效益型方式回收资金，期限较长;商业银行最关注的商业贷款的安全性，没有银行愿意贷款给只能拿未来收益作空头抵押的节能公司。而不少EMCO无力向银行提供保证其贷款安全性的财政担保或足额的抵押;商业银行或社会投资者对“合同能源管理”了解甚少，一些EMCO又没有良好的财务信誉历史记录等，上述种种因素，导致因资金不足，大量好的节能技改项目无法实施。所以，需要在EMCO运营初期为其获得商业贷款提供帮助。
2、资金回收困难问题
毋庸讳言，“合同能源管理”是新生事物，为开拓市场，节能公司往往和客户先定口头协议，工程运行1年见效以后，双方再签订正式合同，埋下了资金回收难的风险。但由于市场秩序不规范，部分企业诚信度差，一些客户在项目运行半年见效之后往往毁约，或是中止合作，或是提出购买设备，导致一些节能企业遭受巨大经济损失。
对策：
中小企业的资金短缺和缺乏融资能力是一个普遍性的问题，不单是在“合同能源管理”模式中存在，要完全解决此问题难度较大，正如上所述，要从政策和EMCO本身两方面来解决。现提出以下几项建议：
1、考虑在银行系统建立“合同能源管理”模式的专项基金。
2、为了解决贷款的担保问题，可以允许EMCO正在执行过程中的投资的设备或技改工程项目的投资作抵押，可以使得EMCO的融资能力能扩大一倍。
3、借鉴国外先进经验，可以考虑在采用“合同能源管理”模式的节能技改项目中引入保险机制，在项目中引进保险公司运作，这是个很有前瞻性的课题，在此不予赘述。
4、突出政府的力量。希望政府加强对节能咨询和诊断的奖励力度，并简化取得奖励的操作手续，切实解决进行了咨询而没有得到项目的资金问题。
在某些企业中，由于节能项目一直处在从属地位，一些用户愿意享受节能效益回报，而不愿在节能项目中承担义务，这样对EMCO的资金、技术、设备等存在风险就比较大。已经出现过当节能改造项目结束后，用户因种种原因不能按合同支付设备的投入款和分享的效益等情况。
如果在社会诚信和商业诚信相对缺失的情况下，要采用“合同能源管理”模式投资回报期较长的市场选择，把节能技改项目做大做强就比较困难。
即使把项目的责任、义务、风险等所涉及的内容全部写进合同，再著名的单位和企业，也会以生产经营不够正常或结算不够合理等理由，要求改变结算方式和时间，例如上海某公司20万吨产品循环水系统节能改造项目，在结算上就出现以世界金融风暴为理由要求推迟付款三个月，并认为合同中节能量计算有问题等分歧意见。使合同不能顺利执行。所以在采用“合同能源管理”模式时，节能服务公司始终伴随着担心、戒心和烦心。
