2016年，黑龙江省对肇兰新河开展综合整治，启动了一大批规划重点项目，破解了多年的难题，初步形成了“多元共治、齐抓共管、全民参与”的治理格局，流域治理取得了显性效果，各控制单元断面水质均有所改善。
由黑龙江省环保厅牵头编制、黑龙江省政府办公厅印发的《肇兰新河环境综合整治规划(2016-2020年)》中列入规划的项目正在顺利实施，截至目前，62项重点整治工程中，已有35个规划重点工程启动建设。规划项目的实施明显改善了流域水质，据环保部门监测，2016年，肇兰新河流域青冈傅家窝棚断面氨氮浓度年均值较2015年降低32.4%，化学需氧量降低10.2%;肇东市的出境断面金山村氨氮浓度年均值较2015年降低21.8%，化学需氧量降低16.3%;哈尔滨市松北区庆丰桥断面COD浓度年均值较2015年降低27%，氨氮降低30%，总磷降低10%。肇兰新河在肇东市和青冈县出境水质实现氨氮和化学需氧量双指标下降，哈尔滨市松北区庆丰桥出境断面的化学需氧量和氨氮指标同比降幅近三成。
目前，肇兰新河两侧1公里范围内划定为禁养区，肇东市第二污水处理厂一期项目土建工程已经完成，肇东北山社区3000米排水管线建设工程全部竣工，青冈县城市污水处理2.2公里配套管线工程已经完工，哈尔滨市松北区和呼兰区垃圾焚烧发电项目一期工程已完成前期手续。工业企业减排方面，大庆市大庆石化公司炼油污水处理厂和两个化工污水处理厂提标升级改造工程已开工建设，青冈县长林公司污水处理厂已投入使用，青冈县龙凤玉米废水提标改造工程已经开工建设;农村面源污染治理方面，肇东市已完成肇兰新河沿岸10个畜禽养殖项目关停，哈尔滨市松北区对包括肇兰新河沿岸在内的全区域禁养区进行整体规划设计，完达山奶牛养殖有限公司完成了养殖污水处理厂的土建及设备安装，青冈县明确了畜禽禁养区划定范围，物流工贸园区2000吨污水处理站项目已开工建设;河道综合整治方面，大庆地区防洪管理处完成了肇东市城区3公里河道清淤工程，青冈县完成5.6公里自然沟清淤整修。
总体来看，规划重点工程中环境基础设施建设、河道综合整治工程实施情况较好，但企业提标改造、农村环境综合整治、环境监测能力等3类工程进展较为缓慢。规划确定的城镇基础设施建设、工业减排、农业农村面源治理、河道综合整治、环境监管5大类任务，需要各级政府环保、住建、农业、畜牧、水利、财政等多个组成部门的协作，各司其职，密切配合，共同推进，积极与有关企事业单位、养殖户、农户接触，为其排忧解难，把流域治理的政策法规转变成公众的自觉行为。虽然，在流域治理的过程中由环保部门牵头的事项较多，但是，牵头推进工作，不意味着原本应该由各部门负责的职权范围内的工作能由环保部门替代。在流域综合治理的过程中，涉及的重大或者需要综合协调的重要事项，必须由市县政府领导组织综合协调会议，共同研判，各部门不能相互推诿，共同应对可能会出现的各种困难。
