伊犁川宁生物技术有限公司作为中国医药行业有史以来最大的万吨抗生素中间体投资项目，自建设以来，曾经在一段时间内，受限于当时国内外抗生素尾气异味治理工艺技术不够先进，在试生产过程中，抗生素尾气特征异味给市区及周边造成了不利影响。在国家环保部（西北督查中心）、自治区、州市党委政府和各级环保主管部门以及社会各界人士的督导下，该公司下决心，采取走出去、请进来与自我创新相结合，邀请国内外环保专家到现场帮助诊断分析，并邀请专业环保公司到现场进行各种尾气异味治理新技术的中试试验。经过摸索验证，采取了一系列尾气异味治理工艺技术措施，最终确定了尾气异味治理工艺技术路线，采取“前端减量、密闭收集、分类处理、综合补强”等措施，尤其是自2015年10月采用进口分子筛转轮、疏水性活性炭床、高温热氧化等集成技术对尾气异味进行系统性终极协同处理以来，尾气异味治理系统各项指标正常稳定，去除率保持在95%以上，净化尾气出口VOCs在1ppm以下，解决了困扰公司及医药行业多年的抗生素生物发酵尾气特征异味治理问题。该公司的“生物发酵抗生素生产尾气处理技术集成及应用”科技成果被鉴定为国际先进水平，荣获自治区2016年度科技进步一等奖。
伊犁川宁生物技术有限公司在环保工艺技术方面的不断研发创新和优化提升，先后投入投资，采用了包括MVR终端水处理工艺技术（投资近3亿元）、进口分子筛和疏水性活性炭协同处理工艺技术（投资2亿余元）、喷雾干燥工艺技术（投资近2亿余元）等一系列环保领域前沿的工艺技术，系统性地解决了困扰企业和抗生素行业多年的环保“三废”治理问题。川宁生物申报的《伊犁川宁生物技术有限公司循环经济发展实施方案》通过自治区专家评审答辩，于2016年7月获批成为自治区2016年度第四批工业经济领域循环经济试点企业。2016年10月，川宁生物荣获“十二五”全国轻工业科技创新先进集体称号。
川宁生物入选第一批绿色制造体系示范名单。2017年7月28日，国家工业和信息化部公示了第一批入选绿色制造体系示范名单，首批绿色工厂名单共有203家企业入选，覆盖电子、汽车、钢铁、机械、水泥、制药等15个行业，其中制药企业共有13家入选了首批名单，科伦药业·伊犁川宁生物技术有限公司位列其中，成为新疆仅此一家进入名单的制药企业。
伊犁川宁生物技术有限公司申报的“国家环境保护抗生素菌渣无害化处理与资源化利用工程技术中心”，通过川宁生物平台，以清华大学、中国环境科学研究院、新疆大学、哈尔滨工业大学、自治区固体废弃物管理中心、新疆化工设计研究院等科研院所为技术支撑。通过3年时间，拟解决的关键技术问题和主要任务包括：对抗生素菌渣无害化、资源化利用的安全性、以及利用过程对土壤、水体、生态环境的影响进行长周期（5-15年）综合性评价研究，开发/集成抗生素菌渣低风险资源化关键技术及装备，解决抗生素生产企业菌渣无害化处理及资源化综合应用问题，为政府决策提供科学、合理的技术支撑。
