《办法》明确，流域范围内所有市、县既是流域水生态的保护者，也是受益者，对加大流域水环境治理和生态保护投入承担共同责任。同时，综合考虑不同地区受益程度、保护责任、经济发展等因素，在资金筹措和分配上向流域上游地区、向欠发达地区倾斜。
根据水质优先、奖惩分明原则，《办法》将水质指标作为补偿资金分配的主要因素，建立奖惩机制，对水质状况较好、水环境和生态保护贡献大、节约用水多的市、县加大补偿，反之则少予或不予补偿。
《办法》提出，按照建立生态保护补偿长效机制的要求，明确资金筹集标准、分配方法、使用范围、管理职责分工及监督检查办法等，实现生态保护补偿资金筹措与分配的规范化、透明化。
重点流域生态保护补偿金，按照省政府《关于健全生态保护补偿机制的实施意见》（闽政〔2016〕61号）提出的“力争到2020年补偿资金比2015年翻一番”的要求，主要由流域范围内市、县政府及平潭综合实验区管委会集中，省级政府增加投入，自2018年起分三年逐步到位。
根据《办法》，流域补偿省级支持部分包括存量部分和新增部分。存量部分即省财政每年安排重点流域水环境综合整治专项预算2.2亿元用作流域生态补偿金；新增部分2018年至2020年分三年逐年到位。其中，省财政专项预算每年分别新增4500万元、4500万元、6000万元。
分配到各市、县的流域生态保护补偿资金由各市、县人民政府统筹用于流域污染治理和生态保护，包括以下几个方面：
1.饮用水源地保护
2.农村面源污染防治
（1）小流域及农村水环境整治项目建设（含保洁队、打捞队设备）；
（2）农村污水垃圾处理设施建设及运营维护；
（3）规模化畜禽养殖污染治理；
3.城镇污水垃圾处理及配套处置设施建设和运营维护；
（1）城镇污水处理设施以及配套管网建设和运营维护；
（2）城镇生活垃圾无害化处理及配套转运设施建设和运营维护。
4.点源污染治理项目
（1）企业环保搬迁改造；
（2）危险废物污染防治项目；
（3）工业园区污水处理设施建设。
5.生态修复工程
（1）万里安全生态水系建设；
（2）重点区域生态恢复工程；
（3）水土流失治理；
（4）造林防护。
6.省政府确定的其他水环境保护项目。
其中，各市、县用于支持1－4项水源地保护与水环境治理的资金不得低于本地本年度所获得的重点流域生态保护补偿资金的70%。
