我国的航运业发展取得了举世瞩目的成就，密集、频繁的水上运输活动在支撑经济社会发展的同时，也带来了一些环境问题。“船舶是不可忽视的大气污染源”的观点已经成为政府、公众和业界的共识，越来越多的资源和技术力量投入到船舶大气污染防治的研究中。
交通运输部通过节能减排专项奖励、绿色港口评选、船型标准化补贴等措施，推动靠港船舶使用岸电，积极引导企业做好码头油气回收、推动船舶使用清洁能源。2013年9月国务院发布《大气污染防治行动计划》，明确提出“开展非道路移动机械和船舶的污染控制”。2015年8月新修订的《大气污染防治法》发布，提出了更加明确的船舶污染控制要求，控制船舶大气污染上升到了法律的高度。
接轨国际，实行船舶排放控制区政策
船舶排放控制区是在《国际防止船舶造成污染公约》框架下，国际公认的船舶大气污染控制措施。2015年，交通运输部先后发布《船舶与港口污染防治专项行动实施方案（2015-2020年）》和《珠三角、长三角、环渤海（京津冀）水域船舶排放控制区实施方案》，提出二氧化硫等污染物的减排目标，以及建立3个排放控制区的举措。为进一步推动排放控制区方案的有效实施，交通运输部开展了3项重点工作。
一是开展专题调研和督察。在2016年3月和6月，组织专门调研小组对排放控制区内的海事管理部门、航运企业、船舶燃料油供应企业和船舶技术检验机构等进行了现场座谈和信函调研，全面梳理海事监管的最新业务需求，摸底船舶使用燃料油的现状，收集各方面对排放控制区政策的相关意见和建议，为排放控制区生效做好准备。
二是提升船舶排放监测监管能力。2016年2月发布《船舶排放控制区监督管理指南》，其后组织科研机构在多地开展船舶排放监测技术可行性实验，研究适应排放控制区需要的监测模式和监管制度，抓紧制定相关监测技术标准规范，推动上海、深圳等地率先开始船舶排放监测能力建设的先行先试，启动全国船舶排放监测的总体规划，科学保障排放控制区政策落地。
三是推动合格低硫燃油供应保障。牵头建立了船用燃油监管部际联席会议制度，于2017年4月和5月联合商务部、国家能源局等部门在全国多地开展了燃油生产、流通和使用环节调研活动，进一步规范船用燃油的供、售、用，夯实排放控制区实施的基础。
注重延续，继续推广船舶岸电技术
鼓励靠港船舶使用岸电，可以有效减少船舶在港口靠泊时的各种污染物排放。为积极推动靠港船舶使用岸电，我国在规划引领、试点示范、经济激励、科研开发、市场培育、宣传教育等方面开展了大量工作。
目前我国已对港口建设和改造岸电供电设施有了明确要求，新建码头应当规划、设计和建设岸基供电设施；已建成的码头应当逐步实施岸基供电设施改造。船舶靠港后应当优先使用岸电（《大气污染防治法》）；主要港口90%的港作船舶、公务船舶靠港使用岸电，50%的集装箱、客滚和邮轮专业化码头具备向船舶供应岸电的能力（国务院《“十三五”节能减排综合工作方案》）。
交通运输部制定了2020年的港口岸电建设目标，也认可岸电作为船舶排放控制区的可用替代措施，对靠港船舶使用岸电项目进行奖励支持。
全航程减排，鼓励船舶应用清洁能源
清洁能源船舶通过对传统能源的替代减少燃烧尾气中硫氧化物、颗粒物等大气污染物的排放，因此减排效应可体现在船舶航行的全程。目前的船用清洁燃料以液化天然气（LNG）的应用研究最为广泛。
2013年10月，《交通运输部关于推进水运行业应用液化天然气的指导意见》正式发布，是首个针对LNG能源应用于水运行业的文件，充分体现了我国在调整能源结构、促进水运减排方面的积极性。LNG动力船舶的推广基本遵循先内河、再沿海、后远洋，先普通货船、再客船、后危险品船的发展路径。开始阶段多以改造内河船为主，2014年后内河船新建内河LNG动力示范船纳入内河船型标准化补贴范畴，内河LNG动力船的发展转向新建为主。
目前，活跃于长江、珠江等主要内河水系的LNG动力船舶保有量已超过100艘，海船的LNG能源应用还处于试点阶段。同时，交通运输部也组织加快了包括LNG加注站建设在内的一系列配套工作，力争在“十三五”期实现船舶使用能源中LNG占比在2015年基础上增长200%。
抓大不放小，推动码头开展油气回收
码头油气回收是指利用码头上建设的回收设备设施，对散装液体化学品装船过程中被挤排出货舱的油气进行回收的过程。尽管码头油气回收只是针对特定货种的船舶和码头，能够减排的挥发性有机物尚不是常规的控制污染物，我国仍对此给予了足够的关注，将“在原油成品油码头积极开展油气回收治理”写入《大气污染防治行动计划》。
在成功推广了加油站和油库的油气回收后，我国开始了码头油气回收的试点，2011年交通运输部将中化兴中石油转运（舟山）有限公司岙山原油码头和营口港鲅鱼圈成品油码头确定为示范工程。为稳步推动相关工作，2016年2月，交通运输部、环境保护部、商务部、国家质检总局联合制定了《原油成品油码头油气回收行动方案》，制定了未来码头油气回收相关任务，并于同年启动第二批试点示范项目。
