一、环保税征税范围与排污费征费范围是否一致
从大的分类讲，排污收费项目和环保税的税目都包括大气污染物、水污染物、固体废物和噪声四类，征收范围基本一致，但也存有些差异，两者范围并不完全重合。
环保税和排污费对应税（费）大气污染物和水污染物范围的规定基本一致，都是按照污染当量数从大到小排序，对排放口的前三项大气污染物征收排污费或环保税，区分第一类水污染物和其他类水污染物，对第一类水污染物按照前五项、对其他类水污染物按照前三项征收排污费或环保税，而且每类污染物种类也都一致。但是2015年石油化工行业和包装印刷行业实行挥发性有机物（属于大气污染物）排污收费试点，而挥发性有机物种类较多，征收管理比较复杂，最后没有将其列入环保税税目，但挥发性有机物中的苯、甲苯、二甲苯等成分已经在税目之中。
对固体废物而言，排污费是对无专用贮存或处置设施和专用贮存或处置设施达不到环保标准（即无防渗漏、防扬散、防流失设施）排放的工业固体废物征收。而环保税法并未将固废限定在工业领域，《环保税法实施条例（征求意见稿）》第五条规定固体废物既包括工业生产活动中产生的固体废物也包括医疗、预防和保健等活动中产生的医疗废物。固体废物征税范围是否扩大要看实施条例颁布后的具体内容。
环保税只对工业噪音征税，而排污费是对包括工业噪音、建筑噪音等在内的噪音征收。此外，环保税将机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源纳入征税范围，但是予以免税，而此前则是不征收排污费。
对于建筑噪音、挥发性有机物等这类没有列入环保税征税范围而又属于排污费征收范围的明年起是否继续征收排污费，需要进一步研究明确。
二、税额标准有无发生变化
环保税的税额标准是以现行排污费收费标准为基础的，但部分污染物税额法定最低标准有所提高。
广东省2016年二氧化硫、氮氧化物等大气污染物排污费征收标准是1.2元/当量，二氧化硫、氮氧化物以外的其他大气污染物（如一般性粉尘、工业粉尘、烟尘、建筑扬尘、甲苯等）征收标准是0.6元/当量；水污染物中的化学需氧量和氨氮、五种重金属（铅、汞、铬、镉、类金属砷）征收标准是1.4元/当量，水污染物中的其他水污染物（悬浮物、ph值、动植物油等）征收标准是0.7元/当量。但环保税法税目税额表已将大气污染物和水污染物的最低税额标准进行统一，大气污染物是1.2元/当量，水污染物是1.4元/当量。
环保税法在现行排污收费标准规定的下限基础上，增设了上限，即不超过最低标准的十倍，既考虑了地方的需求，又体现了税收法定原则，各省可以在上述幅度内选择大气污染物和水污染物的具体适用税额。广东目前正在制定大气和水污染物具体适用税额，倾向提高有关标准。
对固体废物而言，除了粉煤灰由原先的每吨30元税额将为每吨25元外，煤矸石、尾矿、危险废物、冶炼渣、炉渣、其他固废的税额标准维持不变。对噪音而言，环保税法将原先排污费噪音的16档税率标准（每超标1分贝算一档税率）调整为6档，事实上降低了有关税额标准。比如原先超标准1分贝、2分贝、3分贝的税额分别是每月350元、440元和550元，现在环保税法将超标1-3分贝的归为第一档，按350元每月征收。
三、费改税后纳税人税负会否增加
对因工艺流程不变污染物排放基本处于平衡状态的排污者而言，每月排放污染物种类和总量假定基本保持不变的前提下，费改税后税负是否增加，主要取决于省级人民政府在税制实施方面的决定。
目前环保税法取消了原先排污费征收中的差别征收排污费的规定（如超标加倍征排污费、淘汰的落后产能加倍征排污费），保留了低于国家或地方标准排放50%以上，减半征收的规定，并增设了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于规定标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环保税。环保税法第九条第三款授权省、自治区、直辖市人民政府根据本地区污染物减排的特殊需要，可以增加同一排放口征收环保税的应税污染物项目数，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。
也就是说如果省级人民政府增加了应税污染物项目数，对纳税人而言原先不用申报的前三项或前五项以外的大气或水污染物现在也要申报缴纳环保税。而且由于部分水污染物和大气污染物最低税额标准已提高，即使省维持法定最低税额标准，税负也会较费改税前有大幅提升。根据广东省环境科学研究所2016年排污费数据进行的测算，按照环保税法规定的大气和水污染物的最低税额标准，广州总税负也较之前排污费增加1610万元，增幅达28%，主要是因为广州一般性粉尘应征税额占比较大，随着税额的递增，废气中烟粉尘的税收负担将加重。
因此，对未超过国家和地方环保标准的且排放污染物排污企业而言，如果税额标准平移或调高，税负都不会降低。对低于环保标准30%以内排放的纳税人而言，税额标准不变的话，税负有可能降低。对于超标准排污的企业由于取消了加倍征收的规定，税负有可能降低或增加的没那么明显。
四、环保税法规定的污染物四种排放计算方法能否解决纳税人申报问题
环保税法中对于污染物排放量的四种方法是由现行排污费管理规定平移而来，在制度设计上来说，四种方法完全可以解决污染物排放计算进而解决纳税人申报问题。
但排污费征收中几种计算污染物排放量的方法均存在不同程度的缺陷：一是按照自动在线监测设备的监测数据进行核定，这是当前核定排污费最主要的方法。由于相关监测技术标准并不规范，各厂家设备并不兼容，设备精确程度不稳定，数据存在失真问题，环保部门不能强制要求对自动监测设备进行定期校准。更为关键的是在线监测只能针对部分污染物进行监测，不能针对全部污染物进行监测。不能自动监测的其他污染物还得靠监督性监测。二是按照监督监测数据进行核定，该方法适用于没有安装在线监测设备的小型企业。但监测数据大多为定点、瞬时的采样数据，缺乏代表性，且受环保部门人力、设备不足的影响，数据更新往往严重滞后，大大降低了数据的可信度。三是按照规定的排污系数物料核算或抽样测算方法计算结果来核定排污量，由于核算方法种类有限，缺乏令人信服的技术支撑，在实际排污费计征工作中，也很少使用。
由于环保部门监测力量并未有实质性的提高，费改税后纳税人仍面临着同样的问题。不同的是现行排污费的征收采取污染者申报、环保部门核定的方式确定应缴排污费。环保部门对每一个缴费者都需要核定其排污量并计算应缴的排污费，排污者的申报只是辅助环节。费改税后，由于税收法定原则以及还责纳税人的发展方向，纳税人应当按照环保税法规定的四种方法自行计算、申报污染物排放量，而目前看纳税人的自我申报能力堪忧。
纳入税务部门环保税税源管理的排污者，在首次申报环保税前，税务部门必须做好纳税辅导工作，保证其可以选择一种确定的方式计算污染物排放量，特别是要考虑到选择监督性监测方法计算排污费的大部分中小企业的申报问题。由于监督性监测报告迟滞造成的无法申报环保税或申报超期问题必须引起重视。
目前的排污费管理中，第三方机构的监测数据更多地用于监测排污单位是否超标排放，而非计算排放量。排污者自行委托第三方机构的监测数据也不能作为排污费缴费依据。费改税后，按照环保税法规定，除了强制使用在线设备的排污单位，其他纳税人可以自主选择使用第三方机构监测数据计算排放量。对符合要求社会化监测机构出具的监测报告，税务部门应先予以认可，以解决一部分纳税人计税依据问题。
五、对纳税人是否需要进行分类管理
国务院法制办2015年6月公布的《环保税（征求意见稿）》第二十条中提出“环保税按照重点监控（排污）纳税人和非重点监控（排污）纳税人进行分类管理。重点监控（排污）纳税人排放应税污染物的种类、数量等申报情况，由主管税务机关自纳税期限届满之日起5日内提请环保主管部门审核，环保主管部门自收到申报资料之日起30日内向主管税务机关出具审核意见。非重点监控（排污）纳税人的申报资料，由主管税务机关会同环保主管部门联合核定并公告。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府规定。”后经征求意见和国务院立法组研究，在向全国人大法工委的送审稿中删除了分类管理方案。但从目前环保税的管理实践来看，这一方案不无可取之处。
对环保税纳税人进行分类管理与环保部门目前的管理模式和发展方向一致，与国家税务总局推行的纳税人分类分级管理制度要求也一致。
税务机关依据环保部门传递的排污单位信息进行纳税人识别，建立纳税人名册，并根据环保部门排污信息掌握程度、环境影响评价管理等级、排污费缴费额等的不同，将环保税纳税人分为重点纳税人、一般纳税人和其他纳税人三类，从信息采集登记、申报征收、后续管理实施分层级分类别管理。
在环保税开征初期应将重点排污企业作为税收监管重点，一方面能够实现对绝大多数污染物征税，保障税款不会出现大面积流失；另一方面可以最大限度地使用环保部门目前的管理数据，有效实现信息的有效比对，提升税收征管效果。
目前，对一般监控纳税人的环保管理要求相对较为宽松，环保部门的监督性监测、执法性监测大多无法覆盖或者监测频次较低，不能满足环保税按月计算、按季度申报的信息比对要求。税务机关应鼓励纳税人采用第三方监测机构监测数据并认可纳税人申报数据。发现申报数据异常的，税务部门应依法提请环保部门复核。
对其他纳税人而言，由税务机关会同环保主管部门核定污染物排放种类、数量和应纳税额，纳税人按照核定标准申报，税务机关参照个体工商户核定管理的方式进行管理。
环保税的征管过程中，环保税法确定了“企业申报、税务征收、环保协同、信息共享”的征管模式。作为国内首个特殊的专业化税种，环保税其核定和征缴处于“两张皮”状态，单单依靠税务机关无法实现充分征管。税务部门要加强与环保部门的合作，尽快推动解决有关政策问题、征管流程和系统建设等问题，以保障环保税的顺利开征。
