自然保护区制度是保护自然资源和生态环境最有效的措施，是维护生态安全，促进生态文明，实现经济全面、协调、可持续发展和人与自然和谐共存的重要保障。党的十八大以来，党中央、国务院把生态文明建设和环境保护摆上更加重要的战略位置，对自然保护区的建设和管理提出更加严格的要求。特别是《中共中央办公厅 国务院办公厅关于甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题督查处理情况及其教训的通报》发布后，各地积极采取有力措施加以推进。然而，由于认识不足和历史原因，在自然保护区的建设管理方面仍存在一些问题。从现场监督检查情况看，主要反映在以下方面：
一、少数地方党委政府思想认识不到位，保护意识淡薄
少数地方党委政府对自然保护区的思想认识不足，重发展、轻保护的传统思想依然存在，部分基层政府和部门违规批准自然保护区内旅游开发项目仍时有发生。一些地方政府以“打擦边球”的方式，批准在自然保护区外围地带进行开发建设，造成不利影响，有的甚至直接侵占保护区。部分地方政府过分强调历史遗留等客观原因，不主动查找问题，仅针对上级部门已掌握的问题被动开展工作，过于追求问题销号，一再降低整改标准。
二、部分自然保护区基础薄弱，管理工作仍不到位。
由于认识不足、规划编制不科学、抢救性划建等历史原因，一些保护区将建制镇等人口聚集区域划入保护区范围，规划范围或功能区划不合理的现象较为普遍。部分自然保护区未按要求设立管理机构，未编制批复总体规划和详细规划，保护区基础设施建设资金投入严重不足，进展缓慢。部分自然保护区与国家森林公园、风景名胜区、种质资源保护区等其他自然保护地范围重叠，功能定位和管控要求存在差异，管理问题多发。自然保护区管理机构不健全的问题仍然存在，如江西省仍有3个国家级自然保护区未建立管理机构，多个地方级自然保护区未建立专职管理机构。自然保护区土地所有权和管理权分离的问题突出，不利于保护区管理。
三、问题整改进度滞后，历史遗留问题推动解决不力
对通过卫星遥感、地方自查等形式发现的自然保护区建设与管理过程中存在的突出问题，地方政府仍存在整改工作力度不够、措施不完善、整改不彻底等情况。尤其对形成时间长、解决难度大的历史遗留问题尚未采取任何整改措施，存在明显的观望心理、等靠思想；一些自然保护区内违规建成的设施，整改措施大多为停止使用，尚未制定拆除计划；部分自然保护区内水域虽已禁止采砂，采砂船固定停放在自然保护区实验区水面范围，但缺少后续整改方案；位于核心区、缓冲区的水电设施整改仅要求保证生态流量，尚未制定退出计划；自然保护区内矿山虽已关闭，但生态恢复工作进度较慢。
针对存在的问题，提出以下建议措施。一是进一步提高思想认识，转变思想观念。牢固树立“四个意识”，及时彻底地落实好党中央决策部署，特别是深入贯彻《中共中央办公厅 国务院办公厅关于祁连山国家级自然保护区生态环境问题督查处理情况及其教训的通报》精神，警醒思想认识，传导工作压力，转变传统思维，把加强自然保护区监督管理作为重要政治责任，严格执行，不打折扣，筑牢国家生态安全屏障。二是进一步完善体制机制，夯实基础工作。根据国家级自然保护区规范化建设和管理的有关要求，尽快设立专门管理机构，加强机构建设，完善管理体系和管护制度。要进一步加大资金投入，加快自然保护保护区基础设施建设，提高自然保护区的管理能力和水平，扎实推进生态环境保护。三是进一步加快推进整改，确保取得实效。要进一步加强对整改工作的组织领导，尽快制定整改方案，强化工作措施，本着“实事求是，依法依规”的原则，分类处理，统筹解决自然保护存在的各类问题。建立健全长效管理机制，加强整顿清理后续工作，全面恢复生态环境。四是进一步强化压力传导，严肃责任追究。强化生态环境保护主体责任，抓紧建立生态环境保护责任清单，落实生态安全责任制，一级抓一级，层层传导压力。敢担当、敢碰硬，紧盯重点领域、关键问题和薄弱环节，务求取得实效。严格按照《党政干部生态环境责任追究办法（试行）》有关要求，对在自然保护区管理工作中存在的不作为、乱作为行为坚决问责到位。
