乡村污水治理目标多
治理乡村污水首先是为保障卫生健康、防止疾病传染;其次是为乡村居民提供公共排水服务，改善乡村人居环境;再次是为削减乡村生活污染排放，保护全体社会成员赖以生存的生态环境。
如果仅将乡村污水治理视为当前水环境污染治理的一项局部性工作，则是大大低估了这项工作的意义。乡村污水治理的重点任务：
一是污水治理设施建设，二是全部污水治理设施的运行维护。
乡村污水治理设施的范畴在不同的技术模式下有具体的界定，总体上包括室外排水设施、污水处理设施(包括再生利用及排放)、剩余污泥处理处置设施以及为保障建设和运行所必须的其它公共设施。
虽然理论上室内卫生排水设施应由乡村居民自行建设和维护，但在实际工作为保证污水治理工作的有效开展和技术系统的完善，乡村污水治理的设施建设和运行维护工作经常需要向居民室内卫生排水设施延伸。
乡村污水治理容易与农村污水或者农村污染治理相混淆，从管理的角度有必要加以区分。
农村环境污染源组成
乡村污水治理是乡村环境污染治理的一个重要组成部分。(乡村环境包含生活和生产两部分)
但由于乡村生活污染、种植业污染、养殖业污染在污染源的空间分布、排污责任主体及污染的最终汇聚上存在交叉，在一些地区这些污染源适宜统筹治理。
乡村聚落规模小、居住密度低，聚落之间距离远，必须采取与城镇不同的污水治理方式，技术问题与特殊的经济社会背景相互交织，使我国乡村污水治理面临更大困难，主要表现在三个方面 ↓
筹资
我国乡村经济发展和基础设施建设长期滞后，污水治理投入需求大，但居民支付能力较低，这些是客观情况。但从另一角度看，正如前面所论述的，乡村污水治理是中等发展阶段的需求，无论是公共财政还是个人财力都应具备相应的支付能力，因此筹资困难主要是指在有效筹集资金上面临困难。
技术
乡村污水治理主要采用分散污水治理的方式，我国在分散污水治理技术方面缺乏应用经验和技术积累，但是这种技术能力的不足主要不是表现在对某种工艺或技术秘密没有掌握，而是表现在缺乏产业技术的支撑能力上。
组织管理
乡村聚落规模小但面广量大，基础情况复杂，组织协调困难，而乡村污水治理尤其强调精细化管理。
上述三个方面的困难表明我们必须强化资金组织的能力、产业组织能力以及工程组织的能力，归结为一句话：组织管理能力不足是我国当前乡村污水治理所面临的最根本困难。
