考核办法明确了考核对象为我市所有县区(管委会)。各县区政府(管委会)是本行政区域水环境保护的责任主体。考核依据为市河长办整合已有的小流域和新增监测点的水质目标和监测数据。莆田市环保局负责审核各监测断面数据质量并发布，市河长办组织考核工作。
乡镇交接断面水质控制目标，由市河长办和市环保局综合《福建省水功能区划》和省级小流域水质年度目标等要求制定年度目标，每个监测点的水质年度目标于年初公布。根据“达标倒逼、鼓励改善”和“环境质量只能变好，不能变坏”原则，以达标为基准，激励改善。经监测评价考核确认，对县区(管委会)进行打分排名，并实施奖惩。选取高锰酸盐指数、氨氮、总磷、溶解氧、PH值等5项指标，作为乡镇交接断面监测指标，以5项指标中最差的计算结果作为该考核时段的评价结果。
考核断面评价等级分为优良、合格、基本合格、不合格四个等次。其中优良10分，合格8分，基本合格6分，不合格0分。执行“监测乡镇、考核县区”，每个月根据考核断面评价结果对县区(管委会)的水环境进行考核，县区(管委会)的得分为其所有考核断面得分加权平均值。市河长办根据各县区(管委会)最终得分进行排名。
同时，强化水质考核结果的运用，落实河长责任制。考核结果与县区(管委会)落实河长制工作年度考核挂钩;考核结果实施“一月一通报”，并进行曝光;对连续两个月不合格的断面，镇级河道由市河长办和市环保局约谈所在流域镇级河长，县级河道由市级副河长约谈所在流域县级河长;对辖区内连续三个月出现40%以上不合格断面的县区(管委会),由市级河长约谈县级河长;对连续三个月不合格的断面对相关责任河长进行问责;因区域内连续多月水质不合格影响省级以上对我市水环境考核的，对相关责任河长进行问责。
