一是建设高质量的项目库。由于专项资金分配方式由过去的以项目法为主转变为以因素法为主，如果没有高质量的项目库，就存在着“钱等项目”的情况，资金分配下去了，但长时间滞留在财政账户上，落不到项目上去。
如何建设项目库，笔者认为应该服从和服务于《土十条》考核任务,结合正在开展的农用地详查以及工业企业用地调查，优先从排查出的土壤污染问题突出区域、疑似污染地块中选择入库项目。建设项目库，需要支出一定资金开展前期工作，例如委托第三方编制可研报告、制定实施方案、进行环境调查等，因此要明确基层能够使用少部分专项资金用于项目前期工作，对可以用来开展项目前期工作的资金做出上限规定。
二是强化项目实施监管。为推动项目有效实施，“分配资金者”和“使用资金者”不能是同一家。生态环境部门是分配资金的单位之一，因此必须明确生态环境部门不得作为项目实施主体，而是监管督促主体。为防止土壤治理修复过程中造成二次污染，项目应进行环境影响评价。项目完成后，由项目实施主体组织开展验收，生态环境部门做出程序性规定，例如要在生态环境部门备案调查报告、监测报告以及专家意见等。财政部门负责资金使用情况的验收，主要检查财务支出是否符合有关规定。
三是加强信息公开。为防止资金挪用、乱用，必须加大信息公开力度。土壤污染防治专项资金的分配使用主要涉及两大信息公开主体，一个是资金分配部门，主要是财政和生态环境部门；另一个是项目实施主体。资金分配部门应公开资金分配原则、额度以及资金使用要求等。项目实施主体应公开项目实施方案、环境绩效目标等信息，接受公众监督。
