水质监测项目依据水体功能和污染源的类型不同而已、数量繁多，但受人力、物力、经费等条件的限制，不可能也没必要一一监测，而应根据实际情况，选择环境标准中要求控制的危害大、范围广、并已建立可靠分析测定方法的项目。我国环境监测总站提出了68种水环境优先监测污染物黑名单。
一、地表水监测项目
河流
必测项目：水温、pH、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物和粪大肠菌群
选测项目：总有机碳、甲基汞等
集中式饮用水源地
必测项目：水温、pH、溶解氧、悬浮物、高锰酸钾指数、COD、BOD5、氨氮、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、铁、锰、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物、硫酸盐、氯化物、硝酸盐和粪大肠菌群
选测项目：三氯甲烷、四氯化碳、三溴甲烷、氯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、苯乙烯、甲醛、乙醛、丙烯醛、苯、甲苯、乙苯、二甲苯、乐果、敌敌畏、DDT、林丹、黄磷、钼、钴、铍、硼等
湖泊、水库
必测项目：水温、pH、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物和粪大肠菌群
选测项目：总有机碳、甲基汞、硝酸盐等
二、工业废水监测项目
黑色金属矿山
必测项目：悬浮物、pH、重金属
选测项目：硫化物
黑色冶金
必测项目：悬浮物、COD、挥发酚、氰化物、重金属
选测项目：石油类、硫化物、氟化物
选矿药剂
必测项目：悬浮物、COD、硫化物、重金属
选测项目：黄药
有色金属矿山及冶炼
必测项目：悬浮物、COD、pH、氰化物、
重金属
选测项目：硫化物、铍
火力发电
必测项目：悬浮物、pH
选测项目：石油类、硫化物
煤矿
必测项目：悬浮物、pH、硫化物
选测项目：砷、石油类
焦化
必测项目：COD、挥发酚、氰化物、石油类、悬浮物
选测项目：B(a)P、氨氮
石油开采
必测项目：石油类、COD、悬浮物、硫化物
选测项目：挥发酚、总铬
石油炼制
必测项目：石油类、COD、悬浮物、硫化物、挥发酚
选测项目：B(a)P、苯系物
化学矿开采(硫铁矿)
必测项目：pH、硫化物、悬浮物、重金属、砷
选测项目：硫化物、砷
化学矿开采(磷矿)
必测项目：磷酸盐、pH、氟化物、悬浮物
选测项目：硫化物、砷
化学矿开采(汞矿)
必测项目：汞、pH、悬浮物
选测项目：硫化物、砷
无机原料(硫酸)
必测项目：pH、硫化物、悬浮物、重金属
选测项目：砷、氟化物、汞
无机原料(氯碱)
必测项目：pH、COD、悬浮物
选测项目：砷、氟化物、汞
无机原料(铬盐)
必测项目：pH、六价铬、总铬、悬浮物
选测项目：砷、氟化物、汞
有机原料
必测项目：COD、挥发酚、氰化物、悬浮物
选测项目：苯系物、硝基苯类、有机氯类等
塑料
必测项目：COD、硫化物、石油类、悬浮物
选测项目：B(a)P、苯系物、氟化物、氰化物
化纤
必测项目：COD、pH、悬浮物、石油类、色度
橡胶
必测项目：COD、硫化物、石油类、六价铬
选测项目：B(a)P、苯系物、重金属
制药
必测项目：COD、石油类、悬浮物、挥发酚
选测项目：苯胺类、硝基苯类
染料
必测项目：COD、挥发酚、悬浮物、苯胺类、色度
选测项目：硝基苯类、硫化物、TOC
颜料
必测项目：COD、硫化物、悬浮物、汞、六价铬
选测项目：色度、重金属
合成洗涤剂
必测项目：COD、阴离子合成洗涤剂、石
油类
选测项目：苯系物、动植物油、磷酸盐
化肥(磷肥)
必测项目：COD、磷酸盐、pH、悬浮物、
氟化物
选测项目：磷、砷
化肥(氮肥)
必测项目：COD、氨氮、挥发酚、悬浮物
选测项目：砷、铜、氰化物
农药(有机磷)
必测项目：COD、挥发酚、硫化物、悬浮物
选测项目：有机磷、磷
农药(有机氯)
必测项目：COD、挥发酚、硫化物、悬浮物
选测项目：有机氯
电镀
必测项目：pH、重金属、氰化物
机械制造
必测项目：COD、石油类、悬浮物、重金属
选测项目：氰化物
电子仪器、仪表
必测项目：pH、COD、挥发酚、重金属
选测项目：氟化物
造纸
必测项目：COD、pH、悬浮物、悬浮物
选测项目：色度、硫化物
纺织、印染
必测项目：COD、pH、悬浮物、色度
选测项目：硫化物、六价铬
皮革
必测项目：COD、pH、悬浮物、硫化物、
总铬
选测项目：动植物油、六价铬
水泥
必测项目：pH、悬浮物
食品
必测项目：COD、pH、悬浮物
选测项目：氨氮、硝酸盐氮、动植物油、BOD5
火工
必测项目：COD、硝基苯类、硫化物、重金属
电池
必测项目：pH、重金属、悬浮物
绝缘材料
必测项目：pH、COD、挥发酚、悬浮物
选测项目：甲醛
生活污水
必测项目：pH、COD、BOD5、悬浮物、油类、挥发酚、氨氮、总氮、总磷、重金属
选测项目：氯化物
医院废水
必测项目：pH、COD、BOD5、悬浮物、油类、挥发酚、氨氮、总氮、总磷、汞、粪大肠菌群、细菌总数
选测项目：氟化物、氯化物、醛类、总有机碳
