审计中重点关注了九十九溪、梧桐溪、钞井溪等主要河流和龙湖、虺湖近3年水环境整治和水资源保护的情况。一是关注资金的使用、管理情况，检查是否存在截留、挤占、挪用专项资金；二是关注工程项目的管理和建设情况；三是关注水环境保护政策制度的建立和执行情况；四是检查水资源管理开发利用是否合理；五是关注水污染防治,控制工业、农业、生活污染和违章建筑的情况；六是关注水质变化情况，排查区域内水质是否达到水功能区的质量要求，重视饮用水源地保护情况。
晋江市审计局旨在摸清水环境基本情况，厘清水质变化趋势，关注污染防治项目绩效和水资源利用率，揭示突出问题，剖析体制机制、管理、履职等方面原因，提出合理化审计建议，为晋江市水环境筑基提质，保障金门供水工程长期的水安全，助推生态文明城市建设。
