按照“将生态环境质量逐年改善作为区域发展的约束性要求”和“谁保护、谁受益，谁污染、谁付费”的原则，阜阳市环保局等部门将对各县（市、区）水、气有关指标实行按月考核，考核情况较好的县（市、区）将获得生态补偿资金，较差的需缴纳生态补偿（赔付）资金。
市环保局将每月计算各县（市、区）的生态补偿资金并向社会公布。各县（市、区）获得的生态补偿的资金应统筹用于改善行政区域内大气、水环境质量。
空气质量排名前三位的县市区可获补偿
《阜阳市环境空气质量生态补偿暂行办法》规定，按照“谁保护、谁受益，谁污染、谁付费，谁损害、谁补偿”的原则，明确在空气质量改善方面，环境空气质量生态补偿机制以各县市区的细颗粒物（PM2.5）和可吸入颗粒物（PM10）平均浓度为考核指标，两者权重分别占80%和20%，考核数据来源于各国控、省控城市环境空气质量自动监测站已审核数据。
对各县市区实行按月考核，每月根据考核结果确定生态补偿资金额度。综合排名前三位的县市区可获得生态补偿资金，综合排名后三位的县市区应缴纳生态补偿资金。
综合排名倒数第一、第二、第三的县市区，将分别按照第一级、第二级、第三级生态补偿资金额度缴纳生态补偿资金，若完成当月累计控制目标，则不需要缴纳生态补偿资金。
综合排名第一、第二、第三的县市区，将分别按照第一级、第二级、第三级生态补偿资金额度获得生态补偿资金，不足资金由市财政予以解决。若未完成当月累计控制目标，则不予发放生态补偿资金。各县市区获得的生态补偿资金应统筹用于改善辖区大气环境质量，不得挪作他用。
12个河湖考核断面实施“双向补偿”
地表水断面生态补偿机制以保护水质为目的，在阜阳全市建立以县市区级横向补偿为主、市级纵向补偿为辅的机制。
《阜阳市地表水断面生态补偿暂行办法》适用于阜阳市行政区域内颍河、泉河、济河等沿线8个县市区的12条主要河湖所有考核断面。考核的断面污染赔付因子共3项，分别为高锰酸盐指数（适用水质年度目标达到优于Ⅲ类的断面，其余断面采用化学需氧量）、氨氮、总磷。
对列入补偿范围的考核断面将实施“双向补偿”，即断面水质超标时，责任县市区支付污染赔付金；断面水质优于目标水质一个类别以上时，责任县市区将获得生态补偿金。
污染赔付额将根据断面污染赔付因子超标情况进行加和计算，当断面污染赔付因子监测数值超过标准限值时，由责任县市区对下游县市区或市财政进行污染赔付，赔付金为3项因子指标污染赔付金之和；生态补偿金将根据断面水质类别进行计算，断面水质类别优于年度水质目标类别的，由下游县市区或市财政对责任县市区进行生态补偿。污染赔付金、生态补偿金应专项用于水污染综合整治、水生态环境保护、监测能力建设等方面，不得挪作他用。
