一直以来，昆明市坚持把加快滇池治理作为生态文明建设的着力点和突破口。在全面深化河长制工作中，为进一步强化滇池流域水环境保护治理，落实滇池流域河道保护治理主体责任，在汲取国内水环境区域生态补偿先进地区工作经验的基础上，昆明市在全省率先建立滇池流域河道生态补偿机制。2017年4月，昆明市正式下发了《滇池流域河道生态补偿办法（试行）》及5个配套文件，除老运粮河暂不具备设置生态补偿断面以外，确定在34条河道、59个水质、水量监测断面进行生态补偿。
按照生态补偿办法，水质未达到考核目标或未完成年度污水治理任务的，由上游被考核单位缴纳生态补偿金，分配给下游被考核单位用于滇池流域河道水环境保护治理；考核断面出现非自然断流的，按照每个断面每月30万元缴纳生态补偿金；未完成年度污水治理任务的，也需按年度未完成投资额的20%交纳生态补偿金。
2017年，滇池流域盘龙区、官渡区、西山区、呈贡区、晋宁区、度假区政府（管委会）向市政府缴纳的首批生态补偿金为4.28亿元，其余部分为各县区互缴。经市政府批准通过，全部用于昆明市、区两级共62个滇池流域河道水环境保护治理项目。目前，补偿金均已拨付到位，各项河道水环境保护治理项目也在有序推进中。
昆明市相关部门介绍，滇池流域河道生态补偿机制的实施在滇池水质改善中发挥了重要作用。根据水质监测部门监测情况，今年1至10月滇池总体水质持续保持企稳向好的趋势，富营养化程度进一步减轻，外海、草海水质均为Ⅳ类，达到《滇池保护治理“三年攻坚”行动工作方案》及省考水质目标的要求。
