生态保护补偿机制是综合运用行政和市场手段，调整生态环境保护各相关方利益关系的环境经济政策。此前，我国对建立生态保护补偿机制进行了探索和实践。2006年，“十一五”规划纲要提出，按照谁开发谁保护、谁受益谁补偿的原则，建立生态补偿机制。十八大以来，生态保护补偿机制不断推进，使受益者付费、保护者得到合理补偿。新环保法规定：“国家加大对生态保护地区的财政转移支付力度。有关地方人民政府应当落实生态保护补偿资金，确保其用于生态保护补偿。”
不过，在实践过程中，还存在企业和社会公众参与度不高，优良生态产品和生态服务供给不足等矛盾和问题。建立补偿机制，只靠政府的力量是不够的，还要依靠市场机制，建立起谁污染谁补偿、谁使用谁付费的制度。
本次《计划》确定了生态保护补偿机制的四大制度：资源开发补偿、污染物减排补偿、水资源节约补偿、碳排放权抵消补偿制度。合理界定和配置生态环境权利，健全交易平台，引导生态受益者对生态保护者的补偿。
重要任务包括：建立市场化、多元化生态保护补偿机制要健全资源开发补偿、污染物减排补偿、水资源节约补偿、碳排放权抵消补偿制度，合理界定和配置生态环境权利，健全交易平台，引导生态受益者对生态保护者的补偿。积极稳妥发展生态产业，建立健全绿色标识、绿色采购、绿色金融、绿色利益分享机制，引导社会投资者对生态保护者的补偿。
《计划》指出，将从九个方面建立市场化、多元化生态保护补偿机制。与企业直接相关的部分如下：
资源开发补偿制度：
企业将资源开发过程中的生态环境投入和修复费用纳入资源开发成本，自身或者委托第三方专业机构实施修复。
排污权制度：
探索建立生态保护地区排污权交易制度，在满足环境质量改善目标任务的基础上，企业通过淘汰落后和过剩产能、清洁生产、清洁化改造、污染治理、技术改造升级等产生的污染物排放削减量，可按规定在市场交易。
水权交易：
鼓励取水权人通过节约使用水资源有偿转让相应取水权。健全水权交易平台，加强对水权交易活动的监管，强化水资源用途管制。
碳排放权抵消机制：
建立健全以国家温室气体自愿减排交易（CCER）机制为基础的碳排放权抵消机制，将具有生态、社会等多种效益的林业温室气体自愿减排项目优先纳入全国碳排放权交易市场，充分发挥碳市场在生态建设、修复和保护中的补偿作用。引导碳交易履约企业和对口帮扶单位优先购买贫困地区林业碳汇项目产生的减排量。
生态农业：
在生态功能重要、生态资源富集的贫困地区，加大投入力度，提高投资比重，积极稳妥发展生态产业，将生态优势转化为经济优势。中央预算内投资向重点生态功能区内的基础设施和公共服务设施倾斜。
鼓励大中城市将近郊垃圾焚烧、污水处理、水质净化、灾害防治、岸线整治修复、生态系统保护与修复工程与生态产业发展有机融合，完善居民参与方式，引导社会资金发展生态产业，建立持续性惠益分享机制。
绿色标识：
推动现有环保、节能、节水、循环、低碳、再生、有机等产品认证逐步向绿色产品认证过渡，建立健全绿色标识产品清单制度。
结合绿色电力证书资源认购，建立绿色能源制造认证机制。健全无公害农产品、绿色食品、有机产品认证制度和地理标志保护制度，实现优质优价。
完善环境管理体系、能源管理体系、森林生态标志产品和森林可持续经营认证制度，建立健全获得相关认证产品的绿色通道制度。
绿色采购：
推广和实施绿色采购，完善绿色采购清单发布机制，优先选择获得环境管理体系、能源管理体系认证的企业或公共机构，优先采购经统一绿色产品认证、绿色能源制造认证的产品，为生态功能重要区域的产品进入市场创造条件。
有序引导社会力量参与绿色采购供给，形成改善生态保护公共服务的合力。
绿色金融：
完善生态保护补偿融资机制，根据条件成熟程度，适时扩大绿色金融改革创新试验区试点范围。鼓励各银行业金融机构针对生态保护地区建立符合绿色企业和项目融资特点的绿色信贷服务体系，支持生态保护项目发展。在坚决遏制隐性债务增量的基础上，支持有条件的生态保护地区政府和社会资本按市场化原则共同发起区域性绿色发展基金，支持以 PPP 模式规范操作的绿色产业项目。鼓励有条件的非金融企业和金融机构发行绿色债券，鼓励保险机构创新绿色保险产品，探索绿色保险参与生态保护补偿的途径。
绿色利益分享：
鼓励生态保护地区和受益地区开展横向生态保护补偿。探索建立流域下游地区对上游地区提供优于水环境质量目标的水资源予以补偿的机制。积极推进资金补偿、对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等补偿方式，选择有条件的地区开展试点。
