经过近几年的使用，RTO也暴露出了一些问题，其中比较突出的问题就是RTO的失火、爆炸等安全问题。据国内某石化工业园区的环保部门统计，该园区共有7套RTO设备，其中有3套发生过不同程度的火灾、爆炸等安全事故。因此，不论是环保设计公司还是化工企业，都必须对RTO的安全问题给予高度的重视，防患于未然。
从部分企业使用情况调查来看，主要存在以下几方面原因：
（1） 部分企业主体装置设计时未考虑使用RTO，存在设计上安全措施不到位、自动化程度不足、实际工况与设备负荷不匹配。
（2） 企业有机废气的成份比较多元化、气量不稳定。精细化工等企业间歇生产的特点，使得有机废气浓度和废气量都会有间歇性变化。
（3）部分企业未充分根据自身企业实际，合理选择设备设施。生产后实际工况与RTO 理想状况相差较大。
（4） 突发性问题的考虑不周，发生突发问题时应对不得当、不及时。
为了防止RTO安全事故的发生、降低事故损失，环保设计单位在进行RTO设计时必须把安全问题放在第一位来考虑，目前比较常见的措施归纳为以下几点：
（1）设计人员要了解客户的工艺，明确工艺过程中有机废气的排放特点及可能存在的突发因素。
（2） 严格控制RTO进口有机物的浓度，使其控制在一个安全的水平，这是预防爆炸的一个最根本的措施。
RTO本身就是一个点火源，如果进口浓度已经超过爆炸下限，即使前面用了防爆风机、管道采用了防静电都无济于事。由于有机物的爆炸下限随着气体温度的提高会大幅降低，同时由于化工企业有机废气的突发性排放，入口浓度必须远低于爆炸下限。
主要措施有：
①废气入口及必要的废气支路入口处安装浓度监测仪；
②对于高浓度废气，RTO入口加稀释风阀；
③废气入口加缓冲罐，缓冲罐的体积要设计得当；
④浓度监测仪、稀释风阀、RTO风机等仪器设备之间的连锁控制，对突发问题第一时间做出正确的动作。
②对于高浓度废气，RTO入口加稀释风阀；
③废气入口加缓冲罐，缓冲罐的体积要设计得当；
④浓度监测仪、稀释风阀、RTO风机等仪器设备之间的连锁控制，对突发问题第一时间做出正确的动作。
（3） 为了降低安全事故造成的损失，一般有如下措施：
①在RTO入口加阻火器，防止回火；
②在燃烧室、缓冲罐、管道拐弯处加泄爆片；
③在设备附近设置一些消防设施。
