由于多年来无序开发，内蒙古地下水超采、水位持续下降、承载能力降低、水生态退化问题十分突出。同时，由于主体责任落实不到位、计量监测手段缺乏等原因，部分地区地下水资源承载能力已无法支撑生态文明建设和经济社会发展需要，全区地下水保护形势非常严峻。
《指导意见》要求，深入落实最严格水资源管理制度，强化“三条红线”刚性约束，推进水资源消耗总量和强度双控行动。逐步建立地下水生态保护与治理长效机制，努力形成节约地下水资源和保护地下水环境的空间格局、产业结构、生产方式、生活方式，加快促进地下水生态环境根本好转。
按计划，到2020年，逐步建立地下水资源承载能力监测预警长效机制；自治区公布的33个超采区和58个重要地下水水源地实现水量和水位双控目标。到2025年，实现地下水重点用水户监控计量设施全覆盖，加快实行地下水红线管控；全区地下水用水总量控制在90亿立方米以内；通辽市科尔沁区、呼和浩特市、巴彦淖尔市乌拉特前旗等3个大型超采区达到采补平衡。
《指导意见》要求，各盟市、旗县（市、区）要将地下水生态保护和治理工作作为推进生态文明建设的重要内容，建立主要领导负总责的协调机制，加强组织领导，落实主体责任，强化落实和监督考核，确保各项措施执行到位。
