《暗访工作制度》明确，暗访工作由省河长办和省级河长会议成员单位共同开展，每年一般不少于2次，针对专项任务或重大问题，可根据工作任务需要增加暗访频次。暗访工作内容主要包括党中央及省委、省政府重大决策部署贯彻落实情况，河湖长制六大任务落实情况，专项行动开展情况、河湖日常管护做法及成效，各级河湖长和河长办履职尽责情况等。同时规范了暗访工作程序，对组织人员培训、现场检查、提交报告、意见反馈、跟踪督办整改等过程提出具体要求，确保暗访工作有过程、有质量、有结果，做到依法、合规、客观、公正。
《巡河指导意见》要求，各级河长湖长要加大对责任河湖的巡河力度，省级河长湖长每年巡河不少于一次，市级每半年巡河不少于一次，县级每季度巡河不少于一次，对问题较多的河湖，要结合实际需要，加大巡查频次。各级河长湖长要坚持问题导向，以乱排、乱占、乱采、乱堆、乱建等突出问题为重点，以督查上级安排的各项重点任务落实情况为重点，对责任河湖进行全面巡查，发现问题应及时协调解决，按照规定程序处理。对巡河履职不到位、工作成效不显著的，由上级河湖长进行约谈，情节较重的，给予通报批评，造成严重后果的，依纪依规给予相应处分。
