《纪要》强调，各部门要坚持最严格的环保执法司法制度、最严密的环保法治理念，统一执法司法尺度，加大对环境污染犯罪的惩治力度，主要包括十一个问题：
一是单位犯罪的认定问题。规定了环境污染单位犯罪的认定标准，重点打击出资者、经营者和主要获利者。
二是犯罪未遂的认定问题。规定可以按污染环境罪（未遂）追究刑事责任的具体情形。
三是主观过错的认定问题。明确应当依据犯罪嫌疑人、被告人的任职情况、职业经历、专业背景、培训经历以及污染物种类、污染方式、资金流向等证据，进行综合分析判断。
四是生态环境损害标准的认定问题。明确在生态环境损害赔偿制度试行阶段，全国各省（自治区、直辖市）可以结合本地实际情况，根据案件具体情况准确认定生态环境损害标准。
五是非法经营罪的适用问题。要求坚持实质判断原则和综合判断原则，全链条、全环节、全流程对非法排放、倾倒、处置、经营危险废物的产业链进行刑事打击，查清犯罪网络，深挖犯罪源头，斩断利益链条。
六是投放危险物质罪的适用问题。明确对于行为人明知其排放、倾倒、处置的污染物含有危险物质，仍实施环境污染行为放任其危害公共安全，造成严重后果，以污染环境罪论处明显不足以罚当其罪的，可以按投放危险物质罪定罪量刑。
七是涉大气污染环境行为的处理问题。对重污染天气预警期间，违反国家规定，超标排放二氧化硫、氮氧化物，受过行政处罚后又实施上述行为或者具有其他严重情节的，依法追究刑事责任。
八是非法排放、倾倒、处置行为的认定问题。明确应当根据法律和司法解释的有关规定精神，从行为方式是否违反国家规定或者行业操作规范、污染物是否与外环境接触、是否造成环境污染的危险或者危害等方面进行综合分析判断。
九是有害物质的认定问题。明确应当坚持主客观相一致原则，从行为人的主观恶性、污染行为恶劣程度、有害物质危险性毒害性等方面进行综合分析判断，准确认定非法排放、倾倒、处置其他有害物质行为的社会危害性。
十是从重处罚情形的认定问题。规定了长江经济带十一省环境污染犯罪可以从重处罚的具体情形。
十一是严格适用不起诉、缓刑、免予刑事处罚的问题。
