防止船舶水污染非法排放、转移处置污染环境，是打好污染防治攻坚战的重要任务之一。根据船舶水污染物转移处置特点，《意见》指出，各部门要针对船舶水污染物转移处置的关键环节，联合建立全链条闭环管理机制，应用先进技术装备降低处置能耗与成本，加强信息平台整合和数据资源共享，提升联合监管能力。
《意见》要求，船舶水污染转移处置各环节应实施分类管理：在船上产生的船舶水污染物，船舶应依法合规地分类、储存、排放或转移处置；船舶水污染物通过港口或专门作业船舶接收后，由交通运输、海事部门根据职责实施管理；在岸上转移处置的船舶水污染物，由生态环境、环卫、城镇排水等主管部门依职责管理。
《意见》要求，船舶水污染物接收、转移和处置，包括临时储存与预处理、转移、多次运输的，均应通过单证实现前后端有效衔接。鼓励建立监管信息系统，实现“电子单证”流转。要加强统筹规划建设，把船舶水污染物转移处置设施与城市公共设施有效衔
