总的来看，管理办法明确了监测单位的责任、义务及权利；细化了监测质量保证、控制措施的具体内容；明确了生态环境监测质量管理工作的监督主体及要求。相对于之前的征求意见稿，其改变如下：
第二章第八条：删除“污染物样品的采集、运输等工作由环境监测机构负责，不得由排污单位自行采样、送检。”和“排污单位在建设期间对环境监测机构监测数据质量的监督责任由建设单位与环评机构合同约定，合同未约定的由环评机构负责”。
第三章第九条(二)：将“组织和开展质控考核、能力验证、比对、方法验证、质量监督、量值溯源及量值传递等质量管理工作，并对其结果进行评价”更改为“组织、开展和参加质控考核、能力验证、比对、方法验证、质量监督、量值溯源及量值传递等质量管理工作，并对其结果进行评价”。
第三章第九条(三)：将“负责本机构监测人员持证上岗考核与日常管理”更改为“负责本机构监测人员持证上岗考核与质量管理”；
第三章第九条(四)：将“建立本机构执行生态环境监测标准、技术规范和规定、质量管理工作的动态信息库”更改为“建立本机构执行生态环境监测标准、技术规范和规定、质量管理工作的动态信息库，确保现行有效”；
第三章第十条：删除“使用的监测仪器应由国家计量部门或其授权单位按有关要求进行检定或按规定程序进行校准。所使用的标准物质应是有证标准物质或具有溯源性的标准物质”；
第三章第十条(六)【公开征求意见稿中的(七)】：将“对外出具报告或数据的同时，应提供有关采样、运输、分析、监测、质控等方面的原始记录、数据等材料”更改为“对外出具报告或数据的同时，应提供有关采样、运输、分析、监测、质控等方面的原始记录、数据等材料（复印或影印件）”；
第三章第十一条：删除“具有两名以上监测人员，并持有省级生态环境行政主管部门组织培训且与监测事项相符的培训证书或者持有企业自认定支撑及培训材料”；
第三章第十一条(四)【公开征求意见稿中的(五)】：将“保存完整的采样原始记录、样品交接记录、样品分析原始记录、质控措施记录应当完整、齐全、可追溯”更改为“保存完整、齐全、可追溯的采样原始记录、样品交接记录、样品分析原始记录、质控措施记录等”；
第四章第十二条：将“运维机构应在样品采集、传输、分析，标准样溯源、制备，信息传递、数据交换，仪器设备规范运行等方面实施质量管理，确保各类数据在仪器分析及信息传输、发布等过程中准确、完整、及时”更改为“运维机构应在样品采集、运输、分析、标准溯源、制备、数据传输、信息交换、仪器设备规范运行等方面实施质量管理，确保各类数据在仪器分析及传输、发布等过程中准确、完整、及时”；
第四章第十二条(一)：将“运维机构与委托单位不签订运维合同，但事实可进入监测站房或接触采样设备及管线、自动监测仪器、数据传输设备、通讯网络、视频监控的，视为形成事实合同关系，承担自动监测数据质量的法律责任”更改为“运维机构与委托单位不签订运维合同，但事实可进入监测站房或接触采样设备及管线、自动监测仪器、数据传输设备、通讯网络、视频监控的，视为形成事实合同关系，双方共同承担自动监测数据质量的法律责任”；
第四章第十二条(二)：将“站房及所属采样、分析、数据传输等方面的运维工作原则上只能由同一家运维机构负责。除运维人员、负责监管的生态环境部门人员陪同或许可外，其他人员不得进入站房、不得接触设备、不得通过网络等方式连接设备、不得干扰样品采集部位及样品传输管路的周边环境”更改为“站房及所属采样、分析、数据传输等方面的运维工作原则上只能由同一家运维机构负责，除运维人员陪同或许可外，其他人员不得进入站房、不得接触设备、不得通过网络等方式连接设备、不得干扰样品采集及输送设施的周边环境。对生态环境等有关行政主管部门的合法合规检查，运维机构需主动配合”；
第四章第十二条：删除“运维机构负责或指导委托单位：建设规范的采样口或采样平台，按规范设置采样点、采样设备和管路、现场分析仪等设备；安装电子门禁、站房防盗门窗或红外报警系统、站房防雷系统、站房内及采样口视频监控系统；验收上述自动监测设施并与生态环境行政主管部门联网”；
第四章第十二条(三)【公开征求意见稿中的(四)】：将“运维机构负责站房及所属样品采集及传输设备、仪器分析及数据传递等系统按规范运行；选用的自动监测仪器设备应当符合生态环境保护相关标准规范要求，定期检定或校准，并做好相关记录；使用的标准物质应当是有证标准物质或具有溯源性的标准物质；传输的数据应是准确、不被外界干扰的数字量模式；按连续监测技术规范、运行与考核技术规范等要求需要定期开展手工比对监测、校准校验等质量管理工作的，应由有资质的环境监测机构提供手工比对监测数据”更改为“运维机构负责站房及所属样品采集及输送设施、仪器分析及数据传输等系统按规范运行；定期检定或校准，并做好相关记录；使用的标准物质应当是有证标准物质或具有溯源性的标准物质；传输的数据应是准确、不被外界干扰的数字量模式”；
第四章第十二条(四)【公开征求意见稿中的(五)】：将“运维机构要确保自动监测数据在分析仪、现场工控机、中控平台、数采仪、各级环保监控平台、信息发布平台等所有设备上传递时要保持完全一致，不受量程设置、传送距离、传输介质等的干扰”更改为“运维机构要确保自动监测数据在分析仪、现场工控机、中控平台、数采仪、各级环保监控平台、信息发布平台等所有设备上传输时要保持完全一致”；
第四章第十二条(五)【公开征求意见稿中的(六)】：将“运维机构不得擅自移动、改变或干扰监测站房、采样点位及管路，擅自更换样品分析、数据传输等设备及其它影响计量的部件”更改为“运维机构移动、改变或干扰监测站房、采样点位及输送设施，更换样品分析、数据传输等设备及其它影响计量部件的，应向生态环境行政主管部门报告并做好记录”；
第五章第十五条：将“各级生态环境行政主管部门要对监测单位生态环境监测全过程实施监督”更改为“各级生态环境行政主管部门要对监测单位生态环境监测工作实施监督”；
第五章第十六条：将“各级生态环境行政主管部门对监测单位存在以下行为的，视为涉嫌弄虚作假，需开展执法检查”更改为“监测单位存在以下行为的，各级生态环境行政主管部门依法开展执法检查”；
第五章第十六条(二)：将“提供的监测报告或数据，没有附相关样品采集、保存交接、样品制备、分析测试等监测全过程原始记录且不整改到位的”改为“对外出具的监测报告或数据，没有附相关样品采集、保存交接、样品制备、分析测试等监测全过程原始记录且不整改到位的”；
第五章第十六条：删除(五)“环境监测机构、运维机构拥有的人员、设备、资质等条件明显不能满足正在开展的监测活动的”和(六)“合同金额明显偏低，难以支撑采样、存储、运输、分析等监测活动的”；
第五章第十七条：将“除相关法律规章明确规定的情形外，监测单位存在以下行为并被查实的，视为监测数据弄虚作假”更改为“除相关法律规章明确规定的情形外，监测单位存在以下行为并被查实的，按照其性质，可以分别按照《环境监测数据弄虚作假行为判定及处理办法》（环发〔2015〕175号）第四条第十四项、第五条第八项、第六条第五项予以处理”；
第五章第十七条(一)：将“威胁检查人员或无正当理由抗拒检查的；阻碍、拖延不配合检查的；提供虚假材料或不按要求提供监测报告、设备使用记录、人员情况等资料的”更改为“提供虚假材料或不按要求提供监测报告、设备使用记录、人员情况等资料的”；
第五章第十七条(五)：将“自动监测数据与实验室标准分析方法数据(以下称比对数据)的误差过大，且无法提供合理、可信说明的……”更改为“其他生态环境监测弄虚作假的行为”；
第五章第十八条：将“各级生态环境行政主管部门对监测单位及个人的监测数据弄虚作假行为认定后，应对单位名称及法定代表人、单位负责人……”更改为↓
第五章第十九条(二)：将“可从宽责任追究的情形：检查前，监测单位能主动坦白自身弄虚作假行为且积极整改的。生态环境行政主管部门在查实弄虚作假情形后，应公开通报弄虚作假单位及法定代表人信息、禁止其参与政府购买环境监测服务或政府委托项目”更改为“可从宽责任追究的情形：监测单位在生态环境主管部门行政检查前能主动坦白自身弄虚作假行为且积极整改的。生态环境行政主管部门在查实弄虚作假情形后，应公开通报弄虚作假单位及法定代表人信息，并按照环境失信行为认定有关规定，禁止其参与政府购买生态环境监测服务或政府委托项目”；
第五章第二十条：将“监测单位和相关责任人员被各级生态环境行政主管部门认定监测数据弄虚作假行为而不服的，可依法向同级人民政府或上级生态环境行政主管部门提起行政复议”更改为“监测单位和相关责任人员对各级生态环境行政主管部门认定其行为构成监测数据弄虚作假并被依法予以行政处罚的，可向同级人民政府或上级生态环境行政主管部门提起行政复议”；
第六章第二十二条：本办法自2019年5月1日起实施。
