据统计，全市已划定乡镇和农村集中式饮用水水源保护区工作19个，其中：湖库型3个、河流型2个、地下水型14个；并完成饮用水水源保护区界标警示设施建设，共建设界碑5座、界桩307座、交通警示牌10座、宣传栏19座。
为加强乡镇与农村集中式饮用水水源保护区环境保护，我市已结合“多规合一”，将19个乡镇和农村集中式饮用水水源保护区纳入生态保护红线范围，所有的红线矢量数据都纳入我市“多规合一”数据平台；出台实施《海口市突发环境事件应急预案》、《海口市饮用水源保护区环境污染事故应急预案》等应急管理办法，建立突发环境事件应急响应机构和信息报送系统；各区将定期开展饮用水水源保护区环境综合整治，并每季度开展水质监测工作。
同时，我市将继续推动生态农业发展。实施测土配方施肥技术，提高肥料利用率，减少养分流失和肥料用量，大面积减少肥料对土地的污染，有效控制农业面源污染；推广增施生物有机肥等化肥减施技术，大力宣传秸秆腐熟还田及增施有机肥等技术措施，改善农户过度施用化肥的传统观念，指导农户科学合适施肥，有效预防因化肥流失引起的农业面源污染；加大对生物和物理防治等组装配套的综合防治技术的推广力度，开展无公害农产品生产技术；加强对水体周边农业种植地基农业投入品的监督检查，检查生产基地农药肥料采购、使用记录和农药仓库，引导农民科学选购和正确使用肥料和农药。
此外，海口将推广发展生态养殖。目前已发布和实施《海口市畜禽养殖污染治理专项行动实施方案》、《海口市畜禽养殖及屠宰污染治理长效机制》，严格执行“三同时”原则，禁养区内畜牧类项目一律不予以扶持。对畜牧类扶持项目严格把关，所有扶持项目必须通过环评批复，方可动工建设；必须通过环保验收，才能拨付项目扶持资金。
未来，还将加快生态循环农业建设，推进畜禽养殖废弃物资源化利用。我市以畜禽规模养殖场（小区）为核心，以沼气建设为抓手，加快推进现代生态循环农业示范基地建设。截至2017年7月，我市已累计建成一池三改沼气池1.37万户，大型沼气79处、中小型沼气206处、村镇沼气服务网点97个，年产沼气1900万立方米，年处理养殖场废弃物450万吨，年产优质肥料450万吨，推广“猪—沼—农作物”生态循环农业基地面积13.8万多亩。
