入河排污口是污染物进入河流的最后一道“闸口”，管理得好不好直接关系到水环境质量和生态环境安全。全省已排查确认的2039个入河排污口中，工业排污口168个，污水处理厂排污口101个，城镇生活排污口85个，农村生活排污口619个，混合废水排污口104个，农田灌溉退水口70个，工业企业雨水口171个，其他排污口721个。按照行政区域划分，涉及太原市581个。
山西省要求，整治过程中，对于已取得排污许可证的工业企业、城镇污水处理厂入河排污口，由拥有权属主体的企事业单位，执排污许可证到市级生态环境部门申请入河排污口登记，市级生态环境部门按标准格式进行登记建档。对于农村生活污水散乱排污口，结合农村人居环境整治要求，以村为基本单位，建设农村生活污水集中处理设施及配套管网，原则上一个行政村统一设置一个排污口。
对于未取得排污许可证的工业企业雨水排口、城镇污水处理厂进水管网溢流口，实行精准管理。由拥有权属主体的企事业单位建设出水口闸阀，分季节管控，雨季打开、非雨季封堵。建设生态沟渠、人工湿地等对降雨期直排水进行净化。
对于农田灌溉退水口，依据《山西省水污染防治条例》规定，建设退水渠闸坝等设施，禁止农田灌溉退水直接排入河。对于雨季农田退水，要通过建设生态沟渠、稳定塘、人工湿地等措施，进行储蓄净化，尽可能重复利用。
