《办法》明确，基金主要用于农用地土壤污染防治；土壤污染责任人或者土地使用权人无法认定的土壤污染风险管控和修复；政府规定的其他事项。土壤污染防治专项资金与基金不得对同一项目安排资金，避免重复投入。
《办法》鼓励土壤污染防治任务重、具备条件的省设立基金，积极探索基金管理有效模式和回报机制。
《办法》要求，基金按照市场化原则运作，各出资方应当按照“利益共享、风险共担”的原则，明确约定收益处理和亏损负担方式。投资收益和利息等归属政府的，除明确约定继续用于基金滚动使用外，应当按照财政国库管理制度有关规定及时足额上缴本级国库。基金的亏损应当由出资方共同承担，政府应当以出资额为限承担有限责任。
地方政府确需举借债务用于土壤污染防治的，应当按照预算法等有关规定，采取发行地方政府债券等方式规范举债，不得以基金方式变相举债、新增隐性债务。
