相比口罩、防护服等固体医疗废物，医疗废水的流向和处置过程更为隐蔽。“难点主要是传染病医院还需要做一个预消毒，而作为污水处理最重要的指标——余氯指标也要求更高，普通医院2~8即可，但传染病医院需要做到6.5~10。”监管如此，生态环境部要求从管理、技术、监管、应急等方面部署安排，做到监管服务100%全覆盖、收运处置100%全落实。
对于“方舱医院”的医疗污水处理去向，湖北省武汉市生态环境部门也早有准备。方舱医院内排出的污水在各个环节停留的时间严格按照《新型冠状病毒感染的肺炎传染病应急医疗设施设计标准》、武汉《关于做好全市方舱医院医疗污水处理有关工作的紧急通知》等相关标准。疫情期间，定点医院、集中隔离场所等产生的污水按照传染病医疗机构污水进行管控，执行更严格的排放要求。
同时通过源头控制（消毒）、传染病医院达标排放、污水处理厂集中处理消毒的方式，确保医疗废水得到规范处理处置。以定点医院、接收医疗污水的城镇污水处理厂以及集中隔离场所为重点，对污水收集处理、规范消毒等情况进行拉网式排查，实行动态管理，确保监管服务对象全覆盖。尤其是方舱医院在建设过程中就配套了污水处理装置，定点医院也有固有的治污设施，隔离点的化粪池也会进行消毒。
根据优先序，对于隔离点和方舱医院的污水处理，仍然主要围绕消毒来开展。根据建筑布局，医护人员和病人分设用水点，医护人员使用现有的固定厕所和医护入口处的工作人员专用移动厕所，病人经专用通道使用建筑南侧的污染区移动厕所。另据实际情况分别采用化学药剂消毒、专用设备消毒措施，并对污泥进行规范化处理处置。
两种污水采用不同的处理方式：医护人员生活污废水采用一级消毒，隔离区污废水采用二级消毒。换句话说，生活污废水在化粪池第一级投加消毒剂，隔离区污水在储罐进水口处一级消毒，经处理后的污水排至化粪池和医护人员生活污废水汇合后进行二次消毒。也正基于此，对带有消毒功能的移动式厕所，分散型污水处理装置和消毒剂的需求，开始频繁出现在各地的物资需求清单中。
隔离区移动厕所污废水经管道收集后汇集至场地外的污水储罐，污水在污水储罐内停留足够的时间后，排至场地内的现有化粪池。从预消毒入口至尾水出口总体水力停留时间不少于2天，以确保系统出水的安全性。另据《新型冠状病毒肺炎应急救治设施设计导则（试行）》的要求，方舱室外污水排水系统采用室内管道连接的方式，并应当设置通气管和清扫口。
污水排放则应集中管理，存放的粪便及污水必须经过消杀合规后方能排至市政管网。而这些废水消毒之后，会进入污水处理厂进一步处理。“完成消毒的方舱医院还需要静置一段时间干燥，才能正式恢复原来的职能。”城管部门还将对方舱医院周边环境及下水道进行定期消杀，多管齐下，最大程度使院区内的污水做到安全排放。甚至特意安排加强饮用水源地的毒性监测，以防止上游消毒剂投加过量产生的影响。
而在疫源地污水污泥有效控制的情况下，前端措施、后端措施、水体和重点防控地区三者的退出可相对独立启动。目前全国接收医疗污水的2108个城镇污水处理厂，从在线监控看都在稳定运行中。另外从饮用水源地的监测结果来看，在生态环境部14915次监测中，未发现受疫情防控影响水质安全的情况。其中，湖北省对125个水源地开展应急监测，水质均达到或优于Ⅲ类标准。
