根据环境部初步统计，中央和地方政府这些年累计投资1140亿元，新增污水管网19872公里，新建污水处理厂(设施)305座，新增污水处理能力1415万吨/日。
到目前为止，中国城市污水处理率仍然较低。另外，有些污水处理技术在不同程度上存在着基建造价和运行成本较高、处理效率有待提高等问题。
由于已建成的污水处理厂中，多数污水处理厂属于县级污水厂，处理规模较小，周边又缺乏使用再生水的用户，而且只有部分污水处理厂规划了中水利用方案，所以回用水中水仅占设计规模很小的比例。
同时，一些污水再生利用设施建成后，由于管网建设及有关政策的不配套，造成设施闲置，难以发挥其经济效益和社会效益。
在现有体制下，有些地方处理经费不能及时到位，使得一些污水处理厂有多少经费就处理多少水，这样就不能够充分发挥污水处理厂应有的效益，并且使得大量仪表、设备搁置受损。
因为经费紧张，致使设备保养、维修不到位，提前报废，同时也无法发挥污水处理专业管理人员的作用，形成人力、物力、财力的严重浪费。另外，导致有些地方污水处理厂在运营方面出现诸多问题。
具体表现如下：
1、污水处理能力不足
这种问题很普遍，例如，有些地方本来应该扩建污水处理能力80万吨/日，然而直至去年年底，当地才启动60万吨/日污水处理能力建设，典型的“超负荷运行”。
2、提标改造滞后
有些园区每天的工业污水排入当地河流，总氮浓度超标严重；有些地方污水厂1级A标准都达不到。
3、偷排
很多企业生产的废水未经处理直排。埋设暗管分流污水，后又临时封堵偷排口，导致大量工业废水通过暗管直排；
4、管网建设滞后
污水管网缺口较大，生活污水溢流问题比较普遍；部分区域管网雨污不分、混接错接，汛期污水直排问题严重；
5、建设滞后
有些地方污水处理厂很早就立项，直到去年才建成调试，之前的污水都直排了。
6、超标排放
有些地方污水处理厂出水总磷最高浓度超标严重，氨氮等超标问题也很突出。
7、运行不规范
很多自建自营企业污水处理设施大多运行不正常、监管不到位，不但中水不回用，且大量污水直排；集中处理设施普遍运行不规范。
8、非法处置
有些运营单位还向未取得危险废物经营许可证的企业转移或以副产品名义出售黑色水解物等危险废物。
9、不及时处置
有些企业停产后固废危废长期未清理到位。
随着污水处理厂的快速发展，污水处理厂的运营者必须改进污水处理技术，完善无数处理设备，加强节能减排工作，提高能源利用率，解决相应的运营问题。
