目前，重庆市财政局、重庆市生态环境局正共同组织区县开展2021年度流域横向生态保护补偿资金清算工作，根据既定补偿规则和相关流域2021年1-12月水质实测结果核算，各区县共需完成横向补偿资金拨付13833万元，将全部由受偿区县用于流域水环境的保护与治理。
流域横向生态保护补偿是一种激励与约束相结合的制度性安排，是生态环保领域的一项重大财政制度创新。目的是让流域的生态受益地区对开展生态保护地区所付出的保护成本、机会损失和提供的生态服务价值给予合理补偿；同时让实施流域环境破坏的地区对其他受影响的地区作出赔偿，弥补其遭受的环境损失和开展水环境治理修复的相关费用，体现“谁污染、谁治理；谁保护、谁受益”的支出责任落实原则。
2018年，重庆市政府印发《重庆市建立流域横向生态保护补偿机制实施方案（试行）》（渝府办发〔2018〕53号），将全市范围内流域面积500平方公里以上且跨区县的19条河流（涉及33个区县）全部纳入补偿机制的实施范围，要求上下游区县间签署具有约束力的补偿协议。具体条款上，以河流区县交界断面的水质监测结果为依据，若水质超标或变差，上游补下游；若水质达标且向好，下游补偿上游。补偿资金以每月100万元为基数，实行“ 月考核、年清算 ”，受偿区县须将资金专项用于流域水环境的保护与治理。
现重庆市首轮流域横向补偿机制已实施期满3年，累计实现区县横向补偿5.4亿元，对全面改善长江干流重庆段水环境质量、筑牢长江上游重要生态屏障起到了重要促进作用。据生态环境部通报数据，全市74个国家水质考核断面水质优良比例已由2018年的90.5%，提升至2021年的98.6%。下步，为主动适应市“十四五”水环境保护的新要求，结合全市水环境保护的重心正在由“治理提升”向“稳定维持”转变的实际，市财政局将会同市生态环境局在总结评估首轮工作成效的基础上，对机制的补偿条件、补偿标准进行优化完善，并组织相关流域区县继续签订第二轮补偿协议，巩固全市“成本共担、效益共享、协同共治”的流域大保护格局。
